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2つのRheum完全葉緑体ゲノムの特性評価と比較分析
Characterization and Comparative Analysis of Two Rheum Complete Chloroplast Genomes.
PMID: 32685515 PMCID: PMC7327605. DOI: 10.1155/2020/6490164.
抄録
種は重要な経済的価値を持っています。漢方薬のルバーブは、中国では重要な薬用素材です。ルバーブの利用の歴史は古く、早くも2000年前から利用されていたという記録がある。ここでは、ルバーブの葉緑体の完全なゲノム配列を決定し、ゲノムスケールで他の2つの利用可能なcpゲノムと包括的に比較した。その結果、159,051bpから161,707bpの範囲で、類似した典型的な四部作・円形構造を持つ葉緑体ゲノムが存在することが明らかになった。これら4つのcpゲノムのゲノム構造、遺伝子数、遺伝子順序、GC内容は、多くの血管緑藻のcpゲノムと類似していた。また、これらのcpゲノムにはリピートとマイクロサテライトが検出された。モーヴ・アライメントの結果、4種のcpゲノムには再配列は見られなかった。また，ゲノム発散のための13の突然変異のホットスポットが確認され，系統研究や種の同定のための潜在的なマーカーとして利用できる可能性があることがわかった。4種の系統関係を調べたところ、Rheum属のメンバーは1つのクラッドにまとまっており、密接な関係を示していることがわかった。この研究は、リウマチの分類学的、系統学的、進化学的分析に貴重な情報を提供しています。
species present a significant economic value. Traditional Chinese medicine rhubarb is an important medicinal material in China. It has a long history of use, with a record of use as early as two thousand years ago. Here, we determined the complete chloroplast genome sequences of and and comprehensively compared them to two other available cp genomes at the genome scale. The results revealed cp genomes ranging in size from 159,051 to 161,707 bp with a similar typical quadripartite and circular structure. The genome organization, gene numbers, gene order, and GC contents of these four cp genomes were similar to those of many angiosperm cp genomes. Repeats and microsatellites were detected in the and cp genomes. The Mauve alignment revealed that there were no rearrangements in the cp genomes of the four species. Thirteen mutational hotspots for genome divergence were identified, which could be utilized as potential markers for phylogenetic studies and the identification of species. The phylogenetic relationships of the four species showed that the members of Rheum cluster into a single clade, indicating their close relationships. Our study provides valuable information for the taxonomic, phylogenetic, and evolutionary analysis of .
Copyright © 2020 Kaihui Zhao et al.