日本語AIでPubMedを検索
環状RNA ciRS-7/CDR1asの生合成は哺乳類全体に散在するリピートによって媒介されている
Biosynthesis of Circular RNA ciRS-7/CDR1as Is Mediated by Mammalian-wide Interspersed Repeats.
PMID: 32683316 DOI: 10.1016/j.isci.2020.101345.
抄録
サーキュラーRNA（circRNA）は、閉じた円形構造を持つ安定なノンコーディングRNAです。その中でも最もよく研究されているcircRNAの一つであるciRS-7 (CDR1as)は、マイクロRNA miR-7の調節因子として機能しているが、その生合成経路は謎に包まれたままである。ここでは、その生合成経路を明らかにする。circRNAを形成するバックスプライシングは、しばしば霊長類特異的なAluエレメントの逆さリピートによって促進されている。ciRS-7遺伝子はこれらの要素を欠いているが、その代わりに、哺乳類全体のインタースパンリピート(MIR)ファミリーに属する一連のフランキング倒立要素を同定した。HEK293細胞を用いたスプライシングレポーターアッセイにより、これらの反転MIRがバックスプライシングを介してciRS-7を生成するために必要であることが明らかになった。また、バイオインフォマティクス検索を用いて、他のいくつかのMIR依存性circRNAを同定し、実験的に確認した。我々は、MIR介在性RNAの円形化が、哺乳類のcircRNAのサブセットの生成に利用されていることを提案する。
Circular RNAs (circRNAs) are stable non-coding RNAs with a closed circular structure. One of the best studied circRNAs is ciRS-7 (CDR1as), which acts as a regulator of the microRNA miR-7; however, its biosynthetic pathway has remained an enigma. Here we delineate the biosynthetic pathway of ciRS-7. The back-splicing events that form circRNAs are often facilitated by flanking inverted repeats of the primate-specific Alu elements. The ciRS-7 gene lacks these elements, but, instead, we identified a set of flanking inverted elements belonging to the mammalian-wide interspersed repeat (MIR) family. Splicing reporter assays in HEK293 cells demonstrated that these inverted MIRs are required to generate ciRS-7 through back-splicing, and CRISPR/Cas9-mediated deletions confirmed the requirement of the endogenous MIR elements in SH-SY5Y cells. Using bioinformatic searches, we identified several other MIR-dependent circRNAs and confirmed them experimentally. We propose that MIR-mediated RNA circularization is used to generate a subset of mammalian circRNAs.
Copyright © 2020 The Authors. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.