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紅海・地中海東部産スジマダイ(<i>Nemipterus</i> spp | 日本語AI翻訳でPubMed論文検索

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Genome.2020 Jul;doi: 10.1139/gen-2019-0163.Epub 2020-07-17.

紅海・地中海東部産スジマダイ(<i>Nemipterus</i> spp

Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of Threadfin Breams (<i>Nemipterus</i> spp.) from the Red Sea and eastern Mediterranean Sea.

  • Joel Ogwang
  • Michel Bariche
  • Arthur R Bos
PMID: 32678985 DOI: 10.1139/gen-2019-0163.

抄録

本研究では、シトクロム酸化酵素サブユニットI(COI)の部分配列を利用して、紅海のスジマダイ(Nemipteridae)の個体群を調査し、その遺伝的多様性を地中海(<i>Nemipterus randalli</i>のみ)やインド太平洋の個体群と比較した。最尤度樹により、<i>N. randalli</i>, <i>N. japonicus</i>, <i>N. bipunctatus</i>, <i>N. zysron</i>の4種の魚類を4つのクラッドに分類した。ハプロタイプ解析の結果、レッセプシアンの移動種である<i>N. randalli</i>には強い創始者効果があることが明らかになった。3つのハプロタイプは地中海で採取されたすべての地理的範囲を表しており、紅海個体と共有されていたのは1つのハプロタイプのみであり、植民地化集団は少数の移民によって創設されたことを示している。紅海個体群の<i>N. japonicus</i>はペルシャ湾個体群やインド洋個体群とハプロタイプを共有していたが、南シナ海個体群は完全に隔離されたままであった。また、<i>N. randalli</i>と<i>N. bipunctatus</i>のハプロタイプネットワークでは、紅海個体群とインド洋個体群の間でハプロタイプの共有が見られた。また、<i>N. zysron</i>については、インドネシアとペルシャ湾の間で1つのハプロタイプが共有されていた。

The present work utilized partial sequences of cytochrome c oxidase subunit I (COI) to study Red Sea populations of threadfin breams (Nemipteridae), and compare their genetic diversity to that of Mediterranean Sea (<i>Nemipterus randalli</i> only) and Indo-Pacific populations. A Maximum Likelihood tree separated four fish species - <i>N. randalli</i>, <i>N. japonicus</i>, <i>N. bipunctatus</i> and <i>N. zysron</i> - into four clades. Haplotype analyses revealed a strong case of the founder effect for the Lessepsian migrant <i>N. randalli</i>: Three haplotypes represented all sampled geographical ranges in the Mediterranean Sea and only one haplotype was shared with a Red Sea individual, presenting evidence that the colonizing population was founded by a small number of migrants. The Red Sea population of <i>N. japonicus</i> shared haplotypes with Persian Gulf and Indian Ocean populations, but South China Sea populations remained fully isolated. The haplotype networks of <i>N. randalli</i> and <i>N. bipunctatus</i> also revealed haplotype sharing between Red Sea and Indian Ocean populations. For <i>N. zysron</i>, one haplotype was shared between Indonesia and the Persian Gulf. We discuss the impact of continued usage of public database sequences of initially misidentified organisms and provide recommendations for avoiding distribution of sequences with incorrect scientific names.