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地域に根ざした SARS-CoV-2 感染症の検出と遺伝的特性 - ニューヨーク市、2020 年 3 月
Detection and Genetic Characterization of Community-Based SARS-CoV-2 Infections - New York City, March 2020.
PMID: 32678072 DOI: 10.15585/mmwr.mm6928a5.
抄録
コロナウイルス疾患2019（COVID-19）の原因ウイルスであるSARS-CoV-2の導入を制限するため、米国は2020年2月2日に中国から、3月13日にヨーロッパからの渡航を制限した。ニューヨーク市（NYC）保健精神衛生局（DOHMH）は、SARS-CoV-2の局所的な感染が検出できるかどうかを判断するため、3月1日から20日までの間、NYCの6つの病院救急診療科（ED）で非同定センチネルサーベイランスを実施しました。3月8日、SARS-CoV-2の検査可能性がまだ限られている中、DOHMHはSARS-CoV-2の持続的なコミュニティ感染を発表しました（1）。この時点で、ニューヨーク市の住民26人がCOVID-19を確認しており、インフルエンザウイルスの流通量が減少したにもかかわらず、インフルエンザ様疾患*のED受診が増加していました。翌週の3月15日には、曝露歴のある56人中7人（13％）がNYC以外に曝露していたため、SARS-CoV-2のコミュニティ感染状況は持続的なコミュニティ感染から広域的なコミュニティ感染へと上昇した（2）。保健省は3月1日から20日までのセンチネルサーベイランスを通じて、インフルエンザおよび場合によっては他の呼吸器病原体の検査結果が陰性のインフルエンザ様症状（ILS）患者から544例の検体を採取しました。544例の検体はすべてCDCでSARS-CoV-2の検査を受けたが、36例（6.6％）が陽性であった。CDCは遺伝子配列解析を用いて、SARS-CoV-2陽性検体のほとんどの配列がヨーロッパで流通している配列に類似していると判断し、ヨーロッパからのSARS-CoV-2、米国の他の地域からのSARS-CoV-2、およびニューヨーク市内からの局所的な導入の可能性を示唆した。これらの知見は、医療施設との提携やセンチネルサーベイランスの迅速な実施に必要なシステムの開発が、発生前の遺伝子解析能力と相まって、タイムリーな封じ込めと緩和戦略の情報提供に役立つことを示しています。
To limit introduction of SARS-CoV-2, the virus that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19), the United States restricted travel from China on February 2, 2020, and from Europe on March 13. To determine whether local transmission of SARS-CoV-2 could be detected, the New York City (NYC) Department of Health and Mental Hygiene (DOHMH) conducted deidentified sentinel surveillance at six NYC hospital emergency departments (EDs) during March 1-20. On March 8, while testing availability for SARS-CoV-2 was still limited, DOHMH announced sustained community transmission of SARS-CoV-2 (1). At this time, twenty-six NYC residents had confirmed COVID-19, and ED visits for influenza-like illness* increased, despite decreased influenza virus circulation. The following week, on March 15, when only seven of the 56 (13%) patients with known exposure histories had exposure outside of NYC, the level of community SARS-CoV-2 transmission status was elevated from sustained community transmission to widespread community transmission (2). Through sentinel surveillance during March 1-20, DOHMH collected 544 specimens from patients with influenza-like symptoms (ILS) who had negative test results for influenza and, in some instances, other respiratory pathogens. All 544 specimens were tested for SARS-CoV-2 at CDC; 36 (6.6%) tested positive. Using genetic sequencing, CDC determined that the sequences of most SARS-CoV-2-positive specimens resembled those circulating in Europe, suggesting probable introductions of SARS-CoV-2 from Europe, from other U.S. locations, and local introductions from within New York. These findings demonstrate that partnering with health care facilities and developing the systems needed for rapid implementation of sentinel surveillance, coupled with capacity for genetic sequencing before an outbreak, can help inform timely containment and mitigation strategies.