タクソン間距離を用いた重み付き四分列からの計量系統樹の推定

Inferring Metric Trees from Weighted Quartets via an Intertaxon Distance.

• Samaneh Yourdkhani
• John A Rhodes

抄録

分類群に関連するメトリック系統樹は、3つの分類群のすべてのサブセットについて、それぞれ重み付きの根付き三重と重み付き四重を誘導する。これらの重みから計算され、同じ木のトポロジーに正確に適合することが示されていますが、エッジ重みは関連する分割サイズに依存する特定の要因で再スケーリングされています。これらの距離は、最近トポロジカルツリーのために導入された、非重み付けされていない根付き三重と四重に基づくトポロジカルツリーのための類似のメトリックツリーのアナロジーである。この距離は、不完全な系統ソートの多種合体モデルの下で生成されたトポロジカル遺伝子木の集合からメトリック種木を推論する新しい統計的に整合性のある方法を導くものである。シミュレーションにより、その可能性が明らかになった。

A metric phylogenetic tree relating a collection of taxa induces weighted rooted triples and weighted quartets for all subsets of three and four taxa, respectively. New intertaxon distances are defined that can be calculated from these weights, and shown to exactly fit the same tree topology, but with edge weights rescaled by certain factors dependent on the associated split size. These distances are analogs for metric trees of similar ones recently introduced for topological trees that are based on induced unweighted rooted triples and quartets. The distances introduced here lead to new statistically consistent methods of inferring a metric species tree from a collection of topological gene trees generated under the multispecies coalescent model of incomplete lineage sorting. Simulations provide insight into their potential.