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MS2-TRIBEはRNA編集によるタンパク質-RNA相互作用と転写の核内組織の両方を評価している
MS2-TRIBE Evaluates Both Protein-RNA Interactions and Nuclear Organization of Transcription by RNA Editing.
PMID: 32674054 DOI: 10.1016/j.isci.2020.101318.
抄録
紫外線架橋免疫沈降法(CLIP)とRNA編集法(TRIBE)は、RNA結合タンパク質の標的を同定することができる。CLIPとTRIBEの偽陽性を評価するために、内因性β-アクチンmRNAをMS2ステムループでタグ付けし、MS2キャプシドタンパク質(MCP)の唯一の善意の標的mRNAとした。CLIPとTRIBEは、偽陽性ではあるがβ-アクチンを検出した。偽陽性のCLIPシグナルは、非特異的な抗体相互作用に起因していました。対照的に、TRIBEで偽陽性と考えられる標的は、β-アクチン遺伝子に空間的に近い遺伝子であった。MCP-ADARは、Hi-Cで観察された染色体間コンタクトと一致する近傍のナッセント転写物を編集した。ナッセントコンタクトの同定は、複数のナッセント転写物に関連するRNA調節タンパク質（例えば、スプライシング因子）が転写後活性のドメインを形成していることを示唆している。統合型誘導性MS2レポーターを用いてこれらの結果を繰り返すと、MS2-TRIBEは、空間的組織および核内RNA調節を研究するために、幅広い細胞および転写物に適用できることが示された。
Both UV-cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) and RNA editing (TRIBE) can identify the targets of RNA-binding proteins. To evaluate false-positives of CLIP and TRIBE, endogenous β-actin mRNA was tagged with MS2 stem loops, making it the only bona fide target mRNA for the MS2 capsid protein (MCP). CLIP and TRIBE detected β-actin, albeit with false-positives. False-positive CLIP signals were attributed to nonspecific antibody interactions. In contrast, putative false-positive TRIBE targets were genes spatially proximal to the β-actin gene. MCP-ADAR edited nearby nascent transcripts consistent with interchromosomal contacts observed in Hi-C. The identification of nascent contacts implies RNA regulatory proteins (e.g., splicing factors) associated with multiple nascent transcripts, forming domains of post-transcriptional activity. Repeating these results with an integrated inducible MS2 reporter indicated that MS2-TRIBE can be applied to a broad array of cells and transcripts to study spatial organization and nuclear RNA regulation.
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