ポーランドの既製食肉および食肉加工環境から分離された株のゲノム解析

Genomic Characterization of Isolated From Ready-to-Eat Meat and Meat Processing Environments in Poland.

• Monika Kurpas
• Jacek Osek
• Alexandra Moura
• Alexandre Leclercq
• Marc Lecuit
• Kinga Wieczorek

抄録

は主要な食品由来病原体の一つである．ポーランドの食品（＝33）および食品加工環境（＝15）から回収されたPCR-serogroup IIb（＝17）およびIVb（＝31）の分離株について，全ゲノムシークエンスを用いて特徴付けを行った．分離株の多くはMulti-Locus Sequence Type（MLST）ST2（31.3％）およびST5（22.9％）に属した。コアゲノムMLST（cgMLST）解析により、分離株は7つのサブリネージュ（SL）と25種類のcgMLSTタイプ（CT）に分類された。その結果、MLSTの結果と一致し、ほとんどのサブリネージュはSL2とSL5であった。アミノグリコシドに対する耐性は11株，塩化ベンザルコニウムに対する耐性は3株（＝3），1株（＝1）であった．SL5 CT2323に属する単離株は，β-repeat sheetをコードする141ヌクレオチドを欠失し，InlBのGW1ドメインを部分的に欠失した，これまで報告されていない対立遺伝子を有していた。2004年から2013年までにポーランドで分離されたヒトリステリア症患者から得られた公開されているゲノム配列と比較したところ、5つの共通CTが明らかになり、これらの株との疫学的な関連性の可能性が示唆された。本研究は、ポーランドにおける食肉および食肉加工環境の多様性の特徴を明らかにし、これまで気付かれていなかったヨーロッパの臨床例との関連性を明らかにすることに貢献している。

is one of the major foodborne pathogens. Isolates of PCR-serogroups IIb ( = 17) and IVb ( = 31) recovered from food ( = 33) and food processing environment ( = 15) in Poland were characterized using whole genome sequencing. Most isolates belonged to Multi-Locus Sequence Type (MLST) ST2 (31.3%) and ST5 (22.9%). Core genome MLST (cgMLST) analysis classified isolates into seven sublineages (SL) and 25 different cgMLST types (CT). Consistent with the MLST results, most sublineages were SL2 and SL5. Eleven isolates harbored encoding resistance to aminoglycosides, three isolates harbored ( = 3) and one ( = 1) encoding tolerance to benzalkonium chloride. Isolates belonging to SL5 CT2323 carried a so far unreported allele with a deletion of 141 nucleotides encoding the β-repeat sheet and partially the GW1 domain of InlB. Comparison with publicly available genome sequences from isolated from human listeriosis cases in Poland from 2004 to 2013 revealed five common CTs, suggesting a possible epidemiological link with these strains. The present study contributes to characterize the diversity of in ready-to-eat (RTE) meat and meat processing environments in Poland and unravels previously unnoticed links with clinical cases in Europe.

Copyright © 2020 Kurpas, Osek, Moura, Leclercq, Lecuit and Wieczorek.