系統的特徴付けにより、2005年から2018年までの中国北京市で流行していたShigella flexneri ST100クローンが明らかになった

Phylogenetic Characterization Reveals Prevalent Shigella flexneri ST100 Clone in Beijing, China, 2005 to 2018.

• Lang Yang
• Bing Lü
• Quanyi Wang
• Kaiying Wang
• Yanfeng Lin
• Chaojie Yang
• Shaofu Qiu
• Peng Li
• Hongbin Song

抄録

は中国北京市におけるバチルス赤痢の主要な原因である。局所的に循環するクローンの遺伝的特徴や集団構造は不明なままであった。本研究では、2005年から2018年までに北京の患者から分離された93株のゲノム配列を解析した。系統解析の結果、抗菌薬耐性決定因子の広範なレパートリーを獲得したST100分離株からなる優勢な系統が明らかになった。この系統の最大のクラッドの急速な局所的拡大は2008年に始まり、徐々に血清型2aの優勢をもたらした。他のクラッドでは、中国の他の地域からの地域間伝播の証拠が見られた。また、ST18分離株からなる別の系統も確認され、60年近くにわたって局所的に持続しているように思われた。これらの結果から、北京での流行は局所的な拡大と地域間伝播の両方が原因であることが示唆された。北京は中国最大の交通の要所であり、移動性の高い人口を抱えているため、北京では細菌性赤痢の主な原因となっている。しかし、局所的に流通しているクローンの遺伝的特徴や集団構造についてはほとんど知られていない。93株の全ゲノムシークエンシングの結果、北京での流行はST100クローンによるものであることが明らかになった。地域間の拡散，局所的な急速な拡大，抗菌薬耐性決定因子の獲得などがこのクローンの流行に関与していると考えられた．また，北京では別のST18クローンが確認され，長期的なコロニー化が確認された．本研究は北京市におけるST18の集団構造と進化の歴史を包括的に明らかにするものである。

is a major cause of bacillary dysentery in Beijing, China. The genetic features and population structure of locally circulating clones remained unclear. In this study, we sequenced the genomes of 93 isolates from patients in Beijing from 2005 to 2018. Phylogenetic analysis revealed a predominant lineage comprised of ST100 isolates that had acquired an extensive repertoire of antimicrobial resistance determinants. A rapid local expansion of the largest clade of this lineage began in 2008 and gradually resulted in the dominance of serotype 2a. Other clades showed substantial evidence of interregional spread from other areas of China. Another lineage consisting of ST18 isolates was also identified and appeared to have persisted locally for nearly 6 decades. These findings suggest that epidemics in Beijing were caused by both local expansion and interregional transmission. Beijing is the largest transportation hub in China, with a highly mobile population. is a major cause of bacillary dysentery in Beijing. However, little is known about the genetic features and population structure of locally circulating clones. Whole-genome sequencing of 93 isolates revealed that epidemics in Beijing were predominantly caused by an ST100 clone. Interregional spread, rapid local expansion, and acquirement of antimicrobial resistance determinants have cocontributed to the epidemics of this clone. Another ST18 clone was also identified and showed long-term colonization in Beijing. Our study provides comprehensive insights into the population structure and evolutionary history of in Beijing.

Copyright © 2020 Yang et al.