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肝細胞癌におけるmiR-1180-3pの臨床的意義：バイオインフォマティクス解析とRT-qPCRの検証に基づく研究
Clinical significance of miR-1180-3p in hepatocellular carcinoma: a study based on bioinformatics analysis and RT-qPCR validation.
PMID: 32665670 DOI: 10.1038/s41598-020-68450-z.
抄録
miRNAはヒトの発がんに欠かせない役割を果たしています。miR-1180-3pの発現異常は、肝細胞癌（HCC）を含むいくつかの種類の癌において観察されている。本研究では、肝細胞がん患者におけるmiR-1180-3pの発現レベルと臨床的特徴および全生存期間との関連を検討した。GEOデータベースおよびTCGAデータベースから選択したmiR-1180-3pの発現および臨床的意義をRT-qPCR法を用いて検証した。miR-1180-3pの標的遺伝子は3つのmiRNA標的遺伝子予測データベースを用いて取得し、オンラインツールWebGestaltを用いてその機能を解析したところ、非腫瘍肝組織に比べて88の肝細胞組織でmiR-1180-3pの発現が有意に上昇した（0.004±0.009 vs. 0.002±0.002, t=-2.099, P=0.038）。さらに、miR-1180-3pの発現レベルは、腫瘍数（χ=9.157、P=0.006）およびMVI（χ=11.354、P=0.003）と有意な相関があることがわかった。Kaplan-Meier解析に基づき、miR-1180発現が高い患者は、miR-1180-3p発現が低い患者に比べて全生存期間が短かった（P=0.002）。さらに、多変量Cox解析により、miR-1180-3p発現は全生存期間の独立した予後因子であることが示された（HR=13.36、95％CI 1.16、153.69、P=0.038）。また、3つの予測データベースから合計733個のmiR-1180-3pの標的遺伝子が見つかった。GO解析の結果、標的遺伝子は腫瘍の増殖や悪性化に密接に関連していることが明らかになった。また、KEGG解析により、標的遺伝子は、がんのPathways in cancer、Rasシグナル伝達経路、MAPKシグナル伝達経路など、いくつかの重要ながん関連シグナル伝達経路に濃縮されていることが示された。結論として、我々は、miR-1180-3pがHCCにおいてアップレギュレートされ、予後不良と関連していることを実証した。このことから、miR-1180-3pはHCCの予後マーカーとして有用であると考えられる。
miRNAs play an indispensable role in human carcinogenesis. Dysregulated miR-1180-3p has been observed in several types of cancer, including hepatocellular carcinoma (HCC). This study intends to correlate the expression level of miR-1180-3p with clinical features and overall survival in HCC patients. The expression and clinical significance of miR-1180-3p, selected from GEO and TCGA databases, were verified using an RT-qPCR method. The target genes of miR-1180-3p were obtained using 3 miRNA target gene prediction databases, and their functions were analyzed using the online tool WebGestalt. miR-1180-3p expression was significantly upregulated in 88 HCC tissues compared with non-tumor liver tissues (0.004 ± 0.009 vs. 0.002 ± 0.002, t = - 2.099, P = 0.038). Additionally, we found that the expression levels of miR-1180-3p were significantly correlated with tumor number (χ = 9.157, P = 0.006) and MVI (χ = 11.354, P = 0.003). Based on Kaplan-Meier analysis, patients with high miR-1180 expression had a shorter overall survival than those with low miR-1180-3p expression (P = 0.002). Furthermore, multivariate Cox analyses indicated that miR-1180-3p expression was an independent prognostic factor for overall survival (HR = 13.36, 95% CI 1.16, 153.69, P = 0.038). In addition, a total of 733 target genes of miR-1180-3p were found from three prediction databases. The GO analyses demonstrated that the target genes were closely related to the proliferation and malignancy of tumors. The KEGG analysis showed that target genes were enriched in several key cancer-related signaling pathways, including the Pathways in cancer, the Ras signaling pathway, and the MAPK signaling pathway. In conclusion, we demonstrate that miR-1180-3p is upregulated in HCC and is associated with a poor prognosis. Thus, miR-1180-3p might be useful as a prognostic marker for HCC.