ICU入院時の直腸および鼻咽頭臨床検体から抗菌薬耐性遺伝子を直接検出するためのDNAマイクロアレイ「AMR Direct Flow Chip Kit」の評価を行った

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Enferm. Infecc. Microbiol. Clin..2020 Jul;S0213-005X(20)30214-7. doi: 10.1016/j.eimc.2020.05.015.Epub 2020-07-11.

ICU入院時の直腸および鼻咽頭臨床検体から抗菌薬耐性遺伝子を直接検出するためのDNAマイクロアレイ「AMR Direct Flow Chip Kit」の評価を行った

Evaluation of the "AMR Direct Flow Chip Kit" DNA microarray for detecting antimicrobial resistance genes directly from rectal and nasopharyngeal clinical samples upon ICU admission.

Efthymia Protonotariou
Georgios Meletis
Dimitra Papadopoulou
Melania Kachrimanidou
Lilian Toptsi
Lemonia Skoura

PMID: 32665077 DOI: 10.1016/j.eimc.2020.05.015.

抄録

はじめに:

医療機関における抗生物質耐性遺伝子の迅速な検出は、多剤耐性微生物の蔓延に取り組む上で最も重要である。我々は，ICU 入院時の直腸および鼻咽頭検体について，Antimicrobial Resistance (AMR) Direct Flow Chip Kit と表現型スクリーニングアッセイの比較を行った．

INTRODUCTION: Prompt detection of antibiotic resistance genes in healthcare institutions is of utmost importance in tackling the spread of multi-drug resistant micro-organisms. We evaluated the Antimicrobial Resistance (AMR) Direct Flow Chip Kit versus phenotypic screening assays for rectal and nasopharyngeal specimens upon ICU admission.

方法:

2017年11月11日から2018年8月8日までの間に、92名の患者から合計184本の二重検体（直腸スワブ92本、鼻咽頭スワブ92本）を収集した。すべてのスワブは、由来に応じてAMRと表現型検査の両方を受けた。2つの方法の一致度はカッパ係数で評価した。

METHODS: A total of 184 dual specimens (92 rectal and 92 nasopharyngeal swabs) from 92 patients were collected from 11/2017 to 8/2018. All swabs were subjected to both AMR and phenotypic tests according to their origin. The degree of agreement of the two methods was assessed by the kappa coefficient.

結果:

カッパ係数は、MRSA、ESBLs、オキサシリナーゼおよびバンコマイシン耐性遺伝子については完全に一致し（1.000、p<0.01）、mecA陽性のCoNS、KPC-カルバペネマーゼおよびメタロ-β-ラクタマーゼについては非常に良好な一致を示した（それぞれ0.870、p<0.01、0.864、p<0.01、および0.912、p<0.01）。

RESULTS: The kappa coefficient showed perfect agreement for MRSA, ESBLs, oxacillinases and vancomycin resistance genes (1.000, p<0.01) and very good agreement for mecA-positive CoNS, KPC-carbapenemases and metallo-beta-lactamases (0.870, p<0.01; 0.864, p<0.01; and 0.912, p<0.01, respectively).

結論:

AMR ダイレクトフローチップキットは、耐性マーカーを迅速に検出するために、表現型検査に代わる有用な検査である。

CONCLUSION: The AMR Direct Flow Chip Kit is a useful alternative to phenotypic testing for rapid detection of resistance markers.