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単細胞RNA-Seq法により、小児上衣腫の細胞階層と発達障害を明らかにした
Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Hierarchies and Impaired Developmental Trajectories in Pediatric Ependymoma.
PMID: 32663469 DOI: 10.1016/j.ccell.2020.06.004.
抄録
上衣腫は、確立された分子グループを持つ中枢神経系腫瘍の不均一な存在である。ここでは、単細胞RNAシークエンシングを用いて、分子群と解剖学的位置を横断して上衣腫を解析し、腫瘍内の不均一性と発生の起源を調べている。上衣腫は、未分化な集団から始まる細胞階層から構成されており、神経細胞-グリアの運命を決定する3つの系統に向けて分化が損なわれている。予後的に良好な上衣腫群は分化した細胞を多く保有しているが、攻撃的な群は未分化細胞集団に富む。識別されたトランスクリプトームシグナルは患者の生存期間と相関し、標的治療アプローチのための分子依存性を定義している。以上の結果から、我々の解析により、生物学的および臨床的行動に関連する上衣腫の発生階層が明らかになった。
Ependymoma is a heterogeneous entity of central nervous system tumors with well-established molecular groups. Here, we apply single-cell RNA sequencing to analyze ependymomas across molecular groups and anatomic locations to investigate their intratumoral heterogeneity and developmental origins. Ependymomas are composed of a cellular hierarchy initiating from undifferentiated populations, which undergo impaired differentiation toward three lineages of neuronal-glial fate specification. While prognostically favorable groups of ependymoma predominantly harbor differentiated cells, aggressive groups are enriched for undifferentiated cell populations. The delineated transcriptomic signatures correlate with patient survival and define molecular dependencies for targeted treatment approaches. Taken together, our analyses reveal a developmental hierarchy underlying ependymomas relevant to biological and clinical behavior.
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