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Arch. Microbiol..2020 Jul;10.1007/s00203-020-01968-y. doi: 10.1007/s00203-020-01968-y.Epub 2020-07-13.

中国・玉頭珠公園の河川堆積物から分離されたArthrobacter sedimenti sp

Arthrobacter sedimenti sp. nov., isolated from river sediment in Yuantouzhu park, China.

  • Pei Lin
  • Zheng-Fei Yan
  • Chang-Tian Li
PMID: 32661667 DOI: 10.1007/s00203-020-01968-y.

抄録

中国無錫市玉頭珠公園の河川堆積物からグラム染色陽性の好気性桿状菌（MIC A30）を分離した。生育は20～40℃、pH6.0～9.0、0～5.0%NaClで行われた。16S rRNA解析により，MIC A30はArthrobacter liuii CGMCC 1.12778（97.9％），Arthrobacter pokkalii（97.9％），Arthrobacter globiformis NBRC 12137（96.7％）と中等度に関連していた。株MIC A30とこれらの基準株との間のDNA-DNA関連値は30％以下であった。また、DNA G+C含量は63.1mol%であった。また，MIC A30株とA. liuii CGMCC 1.12778株との間の平均ヌクレオチド同一性（ANI）値は60.34％，ゲノム間距離（GGD）値は29.39％であり，MIC A30株とA. liuii CGMCC 1.12778株との間の平均ヌクレオチド同一性（ANI）値は60.34％，ゲノム間距離（GGD）値は29.39％であった。キノンはMK-9(H2)と同定された。主要な極性脂質はジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルグリセロールであった。主な脂肪酸は、iso-C、anteiso-C、anteiso-Cであった。全細胞糖はガラクトース、マンノース、ラムノースであった。細胞壁ペプチドグリカンはリジンを診断用ジアミノ酸とするA4α型ペプチドグリカンを含有していた。その結果、MIC A30株はArthrobacter属の新種と同定され、Arthrobacter sedimenti sp. nov.と命名された。型株はMIC A30（=KACC 19599=CGMCC 1.13474）である。

A Gram-stain positive, motile, aerobic and rod-shaped strain (MIC A30) was isolated from river sediment in Yuantouzhu park, Wuxi City, China. Growth occurred at 20-40 °C, at pH 6.0-9.0 and at 0-5.0% NaCl. Strain MIC A30 was moderately related to Arthrobacter liuii CGMCC 1.12778 (97.9%), Arthrobacter pokkalii (97.9%) and Arthrobacter globiformis NBRC 12137 (96.7%) by 16S rRNA analysis. The DNA-DNA relatedness values between strain MIC A30 and these reference strains were below 30%. The DNA G+C content was 63.1 mol%. Average nucleotide identity (ANI) and genome-to-genome distance (GGD) values between strain MIC A30 and A. liuii CGMCC 1.12778 were 60.34% and 29.39%, respectively. Quinone was identified as MK-9(H2). Major polar lipids were diphosphatidylglycerol and phosphatidylglycerol. Major fatty acids were iso-C, anteiso-C and anteiso-C. Whole-cell sugars were galactose, mannose and rhamnose. The cell wall peptidoglycan contained A4α peptidoglycan type with lysine as the diagnostic diamino acid. Based on several taxonomic results, strain MIC A30 is identified as a novel species in genus Arthrobacter, whose name is proposed as Arthrobacter sedimenti sp. nov. The type strain is MIC A30 (= KACC 19599 = CGMCC 1.13474).