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MLPAとDNAインデックスは小児B細胞性急性リンパ芽球性白血病の分子診断を改善する
MLPA and DNA index improve the molecular diagnosis of childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia.
PMID: 32661308 PMCID: PMC7359332. DOI: 10.1038/s41598-020-68311-9.
抄録
小児B細胞性急性リンパ芽球性白血病（B-ALL）では、かなりの割合でアヌプローシスが見られる。小児B-ALLの新しいサブタイプに関連するコピー数変異（CNV）は、予後に重要な意味を持つ。本研究には合計233人の小児B-ALL患者が登録された．ERG、IKZF1、PAX5、ETV6、RB1、BTG1、EBF1、CDKN2A/2B、およびXp22.33/Yp11.31領域の局所コピー数の変化をマルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅法（MLPA）で評価した。MLPAテロメアキットを使用して、全染色体の損失または増加を検出することにより、異数性を識別した。これらの手順をDNAインデックスの測定と並行して実施し、コホートの異数性の状態を特定しました。その結果、MLPAのテロメアデータとDNAインデックスは、細胞遺伝学的解析よりも高い感度で二倍体の状態とよく相関していた。細胞遺伝学的解析では検出されなかった3人のマスクド二倍体患者と、それらに関連するコピー数中性ヘテロ接合性喪失（CN-LOH）がSTRとSNPアレイによって同定された。19pに位置するTCF3の再配列は、19p欠失と頻繁に関連していた。また，臨床的に意義のある，あるいは新しいALLのサブタイプと関連するiAMP21，IKZF1欠失，ERG欠失，PAX5などの他の遺伝子変異も同定された．以上のことから，MLPAの適切な適用は，小児B-ALLにおけるCNVや異数遺伝子の同定に役立つと考えられる．
Aneuploidy occurs within a significant proportion of childhood B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). Some copy number variations (CNV), associated with novel subtypes of childhood B-ALL, have prognostic significance. A total of 233 childhood B-ALL patients were enrolled into this study. Focal copy number alterations of ERG, IKZF1, PAX5, ETV6, RB1, BTG1, EBF1, CDKN2A/2B, and the Xp22.33/Yp11.31 region were assessed by Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). The MLPA telomere kit was used to identify aneuploidy through detection of whole chromosome loss or gain. We carried out these procedures alongside measurement of DNA index in order to identify, aneuploidy status in our cohort. MLPA telomere data and DNA index correlated well with aneuploidy status at higher sensitivity than cytogenetic analysis. Three masked hypodiploid patients, undetected by cytogenetics, and their associated copy number neutral loss of heterozygosity (CN-LOH) were identified by STR and SNP arrays. Rearrangements of TCF3, located to 19p, were frequently associated with 19p deletions. Other genetic alterations including iAMP21, IKZF1 deletions, ERG deletions, PAX5, which have clinical significance or are associated with novel subtypes of ALL, were identified. In conclusion, appropriate application of MLPA aids the identifications of CNV and aneuploidy in childhood B-ALL.