オクトコアのゲノム配列 - 地中海における気候変動の影響を研究するための重要な資料

The Genome Sequence of the Octocoral - A Key Resource To Study the Impact of Climate Change in the Mediterranean.

• Jean-Baptiste Ledoux
• Fernando Cruz
• Jèssica Gómez-Garrido
• Regina Antoni
• Julie Blanc
• Daniel Gómez-Gras
• Silvija Kipson
• Paula López-Sendino
• Agostinho Antunes
• Cristina Linares
• Marta Gut
• Tyler S Alioto
• Joaquim Garrabou

抄録

オクトコアは、地中海と東大西洋の岩場の底生生物群集と生物多様性に富んだ群集において、重要な生態学的役割を果たす生息地形成性の類人猿である。地中海北西部の浅瀬の個体群は、温暖化による大量死イベント（MME）の影響を強く受けている。これらのMMEは、数千キロに及ぶ沿岸域の個体や個体群に異なる影響を与えている（組織壊死や死亡率のレベルは様々である）。遺伝的要因を含めた環境進化的なプロセスは、これらの違いに対応するための特徴付けがまだなされていない。ここでは、短いリード技術と長いリード技術を用いて、169.98Gbのイルミナペアエンドリードと3.55Gbのオックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ（ONT）リードを作成し、ある個体のシークエンスを行った。64,145個の足場で607Mbを占めるゲノムアセンブリーを得た。コンティグと足場のN50はそれぞれ19.15Kbと23.92Kbである。アセンブリの連続性が低いにもかかわらず、遺伝子の完全性は比較的高く、metazoa_odb9データベースに含まれる978個のメタゾアン遺伝子のうち、完全遺伝子は75.8％、断片化遺伝子は9.4％である。蛋白質をコードする遺伝子62,652個がアノテーションされている。このアセンブリは、現在利用可能な数少ない八頭体ゲノムの一つである。また、その遺伝子は、その遺伝子が持つ機能を解析するために必要な情報を提供している。全体的には、このゲノムがあれば、その進化生態の様々な側面の研究や、地球規模の変化の脅威を克服するための積極的な修復などの効果的な保全計画の策定が容易になると考えられます。

The octocoral, , is a habitat-forming anthozoan with a key ecological role in rocky benthic and biodiversity-rich communities in the Mediterranean and Eastern Atlantic. Shallow populations of in the North-Western Mediterranean are severely affected by warming-induced mass mortality events (MMEs). These MMEs have differentially impacted individuals and populations of (i.e. varied levels of tissue necrosis and mortality rates) over thousands of kilometers of coastal areas. The eco-evolutionary processes, including genetic factors, contributing to these differential responses remain to be characterized. Here, we sequenced a individual with short and long read technologies, producing 169.98 Gb of Illumina paired-end and 3.55 Gb of Oxford Nanopore Technologies (ONT) reads. We obtained a genome assembly accounting for 607 Mb in 64,145 scaffolds. The contig and scaffold N50s are 19.15 Kb and 23.92 Kb, respectively. Despite of the low contiguity of the assembly, its gene completeness is relatively high, including 75.8% complete and 9.4% fragmented genes out of the 978 metazoan genes contained in the metazoa_odb9 database. A total of 62,652 protein-coding genes have been annotated. This assembly is one of the few octocoral genomes currently available. This is undoubtedly a valuable resource for characterizing the genetic bases of the differential responses to thermal stress and for the identification of thermo-resistant individuals and populations. Overall, having the genome of will facilitate studies of various aspects of its evolutionary ecology and elaboration of effective conservation plans such as active restoration to overcome the threats of global change.

Copyright © The Author(s) 2020. Published by the Genetics Society of America.