中国の下痢症豚における3種類のブタのサーコウイルス様ウイルスの遺伝的特徴付け

Genetic characterization of three porcine circovirus-like viruses in pigs with diarrhoea in China.

• Wenchao Sun
• Wei Wang
• Liang Cao
• Min Zheng
• Xingyu Zhuang
• He Zhang
• Ning Yu
• Minyao Tian
• Huijun Lu
• Ningyi Jin

抄録

本研究では、豚の腸管組織から円形複製関連タンパク質（Rep）をコードする一本鎖（CRESS）DNAウイルス（Po-Circo-like（PCL）ウイルスと命名）を検出し、3株（PCLウイルスGX14、GX15、GX19と命名）の完全なゲノム配列を取得した。ゲノム配列がそれぞれ3912および3923ヌクレオチド（nt）のPCLウイルス21株および22株とは異なり、本研究で明らかになった株は3944ntの円形ゲノムを有し、5つの主要なオープンリーディングフレーム（ORF）を有している。これらのORFのうち、ORF1はRepをコードしており、PCVでコードされている典型的なキャプシドタンパク質ではなかった。さらに、本研究の対象株は、参照株のORF1と核酸同一性が79.2％〜96.0％、アミノ酸同一性が83.0％〜98.1％を共有している。さらに、本研究のPCLウイルスのRepは、そのアミノ酸配列の19.9％〜22.2％（30％未満）をPCVと共有していたが、そのアミノ酸配列の34.9％〜94.8％（30％以上）をKirkoviridae科で発現する5つのタンパク質の配列と共有していた。興味深いことに、PCLウイルスのステムループは1ヌクレオチド置換T1328Gを有する。Bo-Circo-like CH株は、PCLウイルスと高い核酸およびアミノ酸類似性（80％以上）を共有している。また、Bo-Circo-like CH株とGX-19株は茎ループ配列が類似していた。このことから，PCLウイルスは，種を超えた感染経路で豚以外の宿主にも感染する可能性があると考えられた．系統解析の結果、PCLウイルスは新しいKirkovir科に分類され、Bo-Circo-likeウイルスとの密接な関係が示唆された。また，PCRウイルスの遺伝子に基づく系統分岐解析により，全株を2つの遺伝子型（PCLaとPCLb）に分類した．以上のことから、本研究は、種を超えた感染に関与している可能性のある豚の新規ウイルスであるPCLウイルスについて、初めて詳細に報告したものである。このウイルスの病原性とその疫学的影響を明らかにするためには、さらなる調査が必要である。

In this study, we detected a circular replication-associated protein (Rep)-encoding single-stranded (CRESS) DNA virus (named Po-Circo-like (PCL) virus) in intestinal tissue samples of pigs, and the complete genome sequences of three strains (named PCL viruses GX14, GX15, and GX19) were obtained. Unlike PCL virus strains 21 and 22, whose genome sequences have 3912 and 3923 nucleotides (nt), respectively, the strains revealed in this study have a circular genome with 3944 nt and five major open reading frames (ORFs). Among these ORFs, ORF1 encodes the Rep and not the typical capsid protein encoded in PCV. Furthermore, the strains in this study share 79.2%-96.0% nucleic acid identity and 83.0%-98.1% amino acid identity with ORF1 of the reference strains. Moreover, the Rep of the PCL virus in this study shared 19.9%-22.2% (<30%) of its amino acid sequence with PCV but shared 34.9%-94.8% (>30%) of its amino acid sequence with sequences of five proteins that are expressed by the family Kirkoviridae. Interestingly, the stem loop of the PCL virus has one nucleotide substitution, T1328G. The Bo-Circo-like CH strain shares high nucleic acid and amino acid similarity (> 80%) with the PCL virus. Moreover, Bo-Circo-like CH and GX-19 had similar stem-loop sequences. The PCL virus might therefore be transmitted to non-porcine hosts by cross-species transmission routes. Phylogenetic analysis classified the PCL virus into the new family Kirkoviridae and indicated its close relationship with the Bo-Circo-like virus. A phylogenetic divergence analysis based on the rep gene classified all PCL virus strains into two genotypes (PCLa and PCLb). In conclusion, the present study is the first detailed report of the PCL virus, which is a potential new virus in pigs that might be involved in cross-species transmission. Further investigation is needed to determine the pathogenesis of this virus and its epidemiologic impact.

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