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食肉加工施設全体の微生物集団の発生源と伝搬経路
The sources and transmission routes of microbial populations throughout a meat processing facility.
PMID: 32651393 DOI: 10.1038/s41522-020-0136-z.
抄録
微生物食品の腐敗は、かなりの量の廃棄物の原因となり、ヒト、特に免疫不全の個人および子供において食品を媒介とする病気を引き起こす可能性がある。したがって、微生物による食品の腐敗を防止することは、保健当局、規制当局、消費者、および食品業界にとって大きな関心事である。しかし、食品の汚染は、生産、加工、保管、流通、消費の過程で、微生物が製品と接触するいくつかの潜在的な発生源があるため、制御が困難である。ここでは、ハイスループット完全長16S rRNA遺伝子シークエンシングを用いて、豚肉加工工場全体の細菌群集構造を明らかにした。具体的には、肉に付着している細菌のうち、おそらく動物と関連していないと思われる細菌の割合を調査し、そのため、人員、機器、機械、または屠殺環境を経由して切断中に移行する。次に、これまで知られていなかった細菌汚染の発生源を予測した、細菌の流れの施設固有の伝達マップを作成しました。これにより、特定の菌種を特定の環境源にピンポイントで特定することができ、施設にターゲットを絞った消毒に不可欠な情報を提供することができました。例えば、食肉から検出された最も豊富なアンプリコン配列変異体（ASV）の1つである著名な食肉腐敗菌であるMoraxella spp.は、従業員の手袋、分級ステップの手すり、研磨トンネルの鞭から移ってきた可能性が高い。この結果は、ハイスループット完全長16S rRNA遺伝子配列解析が食品モニタリングの応用に大きな可能性を秘めていることを示唆している。
Microbial food spoilage is responsible for a considerable amount of waste and can cause food-borne diseases in humans, particularly in immunocompromised individuals and children. Therefore, preventing microbial food spoilage is a major concern for health authorities, regulators, consumers, and the food industry. However, the contamination of food products is difficult to control because there are several potential sources during production, processing, storage, distribution, and consumption, where microorganisms come in contact with the product. Here, we use high-throughput full-length 16S rRNA gene sequencing to provide insights into bacterial community structure throughout a pork-processing plant. Specifically, we investigated what proportion of bacteria on meat are presumptively not animal-associated and are therefore transferred during cutting via personnel, equipment, machines, or the slaughter environment. We then created a facility-specific transmission map of bacterial flow, which predicted previously unknown sources of bacterial contamination. This allowed us to pinpoint specific taxa to particular environmental sources and provide the facility with essential information for targeted disinfection. For example, Moraxella spp., a prominent meat spoilage organism, which was one of the most abundant amplicon sequence variants (ASVs) detected on the meat, was most likely transferred from the gloves of employees, a railing at the classification step, and the polishing tunnel whips. Our results suggest that high-throughput full-length 16S rRNA gene sequencing has great potential in food monitoring applications.