ゲノムスケールのデータから、ホソカビ類の先祖代々の岩石生息生活様式が明らかになった

Genome-scale data resolve ancestral rock-inhabiting lifestyle in Dothideomycetes (Ascomycota).

• Claudio G Ametrano
• Felix Grewe
• Pedro W Crous
• Stephen B Goodwin
• Chen Liang
• Laura Selbmann
• H Thorsten Lumbsch
• Steven D Leavitt
• Lucia Muggia

抄録

担子菌類は、ホソ科の中で最も多様な真菌類であり、多様な生活様式を持つ種が含まれている。これまでの多株研究では、これらの分類学的・進化的関係を調査してきたが、多くの場合、初期の分岐節の解消には至らず、いくつかのクラッドの配置に一貫性がないことが多かった。ここでは、Dothideomycetesの関係を解明するために系統学的アプローチを用い、初期に分岐した系統であることが示唆されている、メラニン化した極端な耐性を持つ岩石生息菌の2つの属に焦点を当てた。本研究では、新たに配列決定された(4)種と以前に入手可能な242種のゲノム(238)から系統図データを収集した。系統樹の推論方法、スーパーマトリックスと合体ベースの種樹の影響、ゲノムデータの量の違いによる影響を調査した。全体的に、我々の系統再構成では、Dothideomycetesのトポロジーが一貫して支持されており、Dothideomycetesクラスの中で最も早く発散した系統が復元されていた。さらに、Dothideomycetesの主要な系統の多くは単系統として復元されており、系統学的アプローチはそれらの関係を強く支持している。また、先祖代々の特徴を再構成した結果、岩盤に生息する生活様式が本種の先祖代々のものであることが示唆された。

Dothideomycetes is the most diverse fungal class in Ascomycota and includes species with a wide range of lifestyles. Previous multilocus studies have investigated the taxonomic and evolutionary relationships of these taxa but often failed to resolve early diverging nodes and frequently generated inconsistent placements of some clades. Here, we use a phylogenomic approach to resolve relationships in Dothideomycetes, focusing on two genera of melanized, extremotolerant rock-inhabiting fungi, and , that have been suggested to be early diverging lineages. We assembled phylogenomic datasets from newly sequenced (4) and previously available genomes (238) of 242 taxa. We explored the influence of tree inference methods, supermatrix vs. coalescent-based species tree, and the impact of varying amounts of genomic data. Overall, our phylogenetic reconstructions provide consistent and well-supported topologies for Dothideomycetes, recovering and among the earliest diverging lineages in the class. In addition, many of the major lineages within Dothideomycetes are recovered as monophyletic, and the phylogenomic approach implemented strongly supports their relationships. Ancestral character state reconstruction suggest that the rock-inhabiting lifestyle is ancestral within the class.

© The Author(s) 2019.