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天然性皮膚疣贅におけるメチル化CpG部位のゲノムワイドな同定
Genome-wide identification of methylated CpG sites in nongenital cutaneous warts.
PMID: 32641122 PMCID: PMC7346436. DOI: 10.1186/s12920-020-00745-6.
抄録
背景:
低リスクのHPV感染はエピジェネティックな調査の対象になっていない。本研究は、非性器性皮膚疣贅のCpG部位のメチル化状況を調べるために実施された。
BACKGROUND: Low-risk HPV infection has not been the subject of epigenetic investigation. The present study was carried out in order to investigate the methylation status of CpG sites in non-genital cutaneous warts.
方法:
ゲノムDNAを、いぼおよび正常皮膚のペアの24個の表皮サンプルから抽出した。DNAサンプルを重亜硫酸塩に変換し、Infinium MethylationEPIC BeadChip Kitを用いてゲノムワイドなメチル化プロファイリングを行った。
METHODS: Genomic DNA was extracted from 24 paired epidermal samples of warts and normal skin. DNA samples were bisulfite converted and underwent genome-wide methylation profiling using the Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit.
結果:
844,234のCpG部位から、非性器性皮膚疣贅では、それぞれ56,960および43,040のCpG部位がハイポおよびハイメチル化されていることが明らかになった。いぼにおける最も異なるメチル化されたCpG部位は、C10orf26、FAM83H-AS1、ZNF644、LINC00702、GSAP、STAT5A、HDAC4、NCALD、およびEXOC4遺伝子内に位置していた。
RESULTS: From a total of 844,234 CpG sites, 56,960 and 43,040 CpG sites were found to be hypo- and hypermethylated, respectively, in non-genital cutaneous warts. The most differentially methylated CpG sites in warts were located within the C10orf26, FAM83H-AS1, ZNF644, LINC00702, GSAP, STAT5A, HDAC4, NCALD, and EXOC4 genes.
結論:
非性器性皮膚疣贅は、独自の CpG メチル化シグネチャーを示す。
CONCLUSION: Non-genital cutaneous warts exhibit a unique CpG methylation signature.