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Eremanthus erythropappusの核内マイクロサテライトマーカーの開発と特徴付け、および近縁種間での移行性
Development and characterization of nuclear microsatellite markers for Eremanthus erythropappus and their transferability across related species.
PMID: 32635942 PMCID: PMC7341598. DOI: 10.1186/s40659-020-00298-z.
抄録
背景:
ブラジルのサバンナと大西洋森林に生息する絶滅危惧種の樹木であるEremanthus erythropappus (DC.) MacLeishの単純配列リピート(SSR)を開発し、近縁の2種のEremanthusへの移植可能性を検証した。
BACKGROUND: We developed simple sequence repeats (SSR) for Eremanthus erythropappus (DC.) MacLeish, an endangered tree species endemic to the Brazilian Savanna and Atlantic Forest biomes, and tested their transferability to two closely related Eremanthus species.
結果:
タンデムリピートモチーフで濃縮されたゲノムライブラリーを用いて、16個のプライマー対を同定し、2つの集団で特徴付けを行った。9つのプライマーは予想されるサイズの断片を増幅し、7つのSSRは多型であり、合計38の対立遺伝子とマーカーあたりの平均4.22の対立遺伝子を提供した。多型情報量（PIC）は0.44から0.94の範囲であり、平均は0.65であった。すべての遺伝子座における観察ヘテロ接合率の平均値は0.61から1.00であった。2つの集団内での観察されたヘテロ接合度（H）と期待されたヘテロ接合度（H）は、それぞれ0.65から1.00、0.31から1.00の間で変化した。
RESULTS: Using a genomic library enriched with tandem repeat motifs, we identified 16 primer pairs, and characterized them in two populations. Nine primers amplified the expected size fragments and seven SSRs were polymorphic, providing a total of 38 alleles and an average of 4.22 alleles per marker. The polymorphic information content (PIC) ranged from 0.44 to 0.94 with an average of 0.65. The average observed heterozygosity across all loci varied from 0.61 to 1.00. The observed (H) and expected (H) heterozygosity within the two populations varied from 0.65 to 1.00 and from 0.31 to 1.00, respectively.
結論:
これらの新たに開発されたSSRマーカーは、集団遺伝学的解析のための強力なツールであり、種の生態、進化、分類学の研究に役立つ可能性があります。
CONCLUSIONS: These newly developed SSR markers are a powerful tool for population genetic analyses and may be useful in studies on species ecology, evolution, and taxonomy.