会員登録をお勧めします。無料です。

WHITE CROSSは若手歯科医師の3人に1人が登録する、国内最大級の歯科向け情報サイトです。
歯科医師のみならず、医療関係者の皆様へ最新の臨床・経営、ニュース、イベント情報などを配信しています

無料の会員登録で、以下の機能がご利用いただけるようになります

お役立ちツール

コミュニティ

ドクタートークや記事へのコメント、統計への参加や結果参照など、ユーザー様参加型コンテンツへアクセスできます。

論文検索

論文検索

日本語AIで読むPubMed論文検索機能へ自由にアクセス可能です。

ライブセミナー

ライブセミナー

LIVEセミナーやVODによるWebセミナーへの視聴申し込みが可能です。
※別途視聴費用のかかるものがあります。

ZipSeq: 単細胞トランスクリプトームのリアルタイムマッピングのためのバーコーディング | 日本語AI翻訳でPubMed論文検索 | WHITE CROSS 歯科医師向け情報サイト

日本語AIでPubMedを検索

PubMedの提供する医学論文データベースを日本語で検索できます。AI(Deep Learning)を活用した機械翻訳エンジンにより、精度高く日本語へ翻訳された論文をご参照いただけます。
Nat. Methods.2020 Jul;10.1038/s41592-020-0880-2. doi: 10.1038/s41592-020-0880-2.Epub 2020-07-06.

ZipSeq: 単細胞トランスクリプトームのリアルタイムマッピングのためのバーコーディング

ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes.

  • Kenneth H Hu
  • John P Eichorst
  • Chris S McGinnis
  • David M Patterson
  • Eric D Chow
  • Kelly Kersten
  • Stephen C Jameson
  • Zev J Gartner
  • Arjun A Rao
  • Matthew F Krummel
PMID: 32632238 DOI: 10.1038/s41592-020-0880-2.

抄録

空間トランスクリプトームは、単一細胞のトランスクリプトームデータを多細胞生物学の3次元空間内に統合しようとするものである。細胞の位置と生体組織内のトランスクリプトームを相関させる現在の方法には様々な限界がある。我々は「ZipSeq」と呼ばれるアプローチを開発しました。これは、パターン化された照明とフォトケージドオリゴヌクレオチドを使用して、無傷の組織内の生細胞にリアルタイムで、その場でパターンを選択してバーコード(「Zipcodes」)を連続的に印刷するものです。ZipSeqを用いて、in vitro創傷治癒、ライブリンパ節切片、ライブ腫瘍微小環境の3つの環境で遺伝子発現をマッピングしました。すべての場合において、組織学的構造に関連した新しい遺伝子発現パターンを発見した。腫瘍微小環境では、末梢から内側に向かってミエロイドとT細胞の分化の軌跡が示された。ZipSeqのコンビナトリアルバリエーションは、定義された領域の数を効率的にスケーリングし、リアルタイムイメージングや摂動に続いて、生きた組織の完全なマッピングのためのパスウェイを提供します。

Spatial transcriptomics seeks to integrate single cell transcriptomic data within the three-dimensional space of multicellular biology. Current methods to correlate a cell's position with its transcriptome in living tissues have various limitations. We developed an approach, called 'ZipSeq', that uses patterned illumination and photocaged oligonucleotides to serially print barcodes ('zipcodes') onto live cells in intact tissues, in real time and with an on-the-fly selection of patterns. Using ZipSeq, we mapped gene expression in three settings: in vitro wound healing, live lymph node sections and a live tumor microenvironment. In all cases, we discovered new gene expression patterns associated with histological structures. In the tumor microenvironment, this demonstrated a trajectory of myeloid and T cell differentiation from the periphery inward. A combinatorial variation of ZipSeq efficiently scales in the number of regions defined, providing a pathway for complete mapping of live tissues, subsequent to real-time imaging or perturbation.