SARS-CoV-2に対する阻害活性を有するファイトケミカル化合物のスクリーニング：その研究

Screening of phytochemical compounds of for their inhibitory activity on SARS-CoV-2: an study.

• S Krupanidhi
• K Abraham Peele
• T C Venkateswarulu
• Vijaya Sai Ayyagari
• Md Nazneen Bobby
• D John Babu
• A Venkata Narayana
• G Aishwarya

抄録

本研究では、SARS-CoV-2のメインプロテアーゼ（3CL pro）の活性部位ポケットを標的とした植物化学物質の結合親和性の観点から、分子ドッキング研究を行い、チノスポノンと3CL proのトップドッキング複合体の安定性をGROMACS 2020.2版を用いた分子動力学シミュレーションにより評価した。その結果、11種類の化合物のうち、チノスポノン、キサノスポリン酸、カルジオフォリサイドB、テンベタリン、ベルベリンの4つの化合物に有意なドッキングスコアが得られた。 ドッキング試験の結果、チノスポノンはSARS-CoV-2のメインプロテアーゼの強力な阻害剤であることが確認され、その結合親和性は-7.7kcal/molと最も高いことがわかった。さらに、トップヒット化合物5種の薬物動態と薬物類似性を予測するために、ADMEと毒性解析を実施した。分子動力学シミュレーション解析により、チノスポノンと3CLプロ複合体の安定性を確認し、ランダム平均二乗偏差（RMSD）は0.1nmであった。また、コンピュータ支援によるドラッグデザインアプローチにより、チノスポノンはSARS-CoV-2の3CLメインプロテアーゼの強力な阻害剤であることが証明されました。さらに、SARS-CoV-2に対する阻害効果を確認するためには、-および-をベースとした試験が必要である。Ramaswamy H. Sarma氏からの報告です。

In the present study, we explored phytochemical constituents of in terms of its binding affinity targeting the active site pocket of the main protease (3CL pro) of SARS-CoV-2 using molecular docking study and assessed the stability of top docking complex of tinosponone and 3CL pro using molecular dynamics simulations with GROMACS 2020.2 version. Out of 11 curated screened compounds, we found the significant docking score for tinosponone, xanosporic acid, cardiofolioside B, tembetarine and berberine in . Based on the findings of the docking study, it was confirmed that tinosponone is the potent inhibitor of main protease of SARS-CoV-2 with the best binding affinity of -7.7 kcal/mol. Further, ADME along with toxicity analysis was studied to predict the pharmacokinetics and drug-likeness properties of five top hits compounds. The molecular dynamics simulation analysis confirmed the stability of tinosponone and 3CL pro complex with a random mean square deviation (RMSD) value of 0.1 nm. The computer-aided drug design approach proved that the compound tinosponone from is a potent inhibitor of 3CL main protease of SARS-CoV-2. Further, the and -based testing will be required to confirm its inhibitory effect on SARS-CoV-2. Communicated by Ramaswamy H. Sarma.