FORTEアラインメントとPoSSuMポケットサーチを用いた構造未知・機能未知タンパク質解析のための構造モデル化とリガンド結合予測

Structural Modeling and Ligand-Binding Prediction for Analysis of Structure-Unknown and Function-Unknown Proteins Using FORTE Alignment and PoSSuM Pocket Search.

• Yuko Tsuchiya
• Kentaro Tomii

抄録

タンパク質や核酸などの生体分子の構造データは、その機能を推定するための多くの情報を提供しています。構造未知のタンパク質については、タンパク質の配列類似性に基づいて構造をモデル化することで構造情報を得ることができます。また、リガンドの結合は、タンパク質の活性化や不活性化だけでなく、タンパク質の機能を修飾することもあるため、タンパク質の機能を解明するためには、リガンドやリガンド結合部位に関する情報が必要である。本章では、タンパク質の機能予測を目的とした、構造不詳・機能不詳タンパク質の構造とリガンド結合部位候補の予測のために、当社のプロファイルプロファイルアラインメントサーバFORTEとリガンド結合部位データベースPoSSuMを用いた手法を紹介します。

Structural data of biomolecules, such as those of proteins and nucleic acids, provide much information for estimation of their functions. For structure-unknown proteins, structure information is obtainable by modeling their structures based on sequence similarity of proteins. Moreover, information related to ligands or ligand-binding sites is necessary to elucidate protein functions because the binding of ligands can engender not only the activation and inactivation of the proteins but also the modification of protein functions. This chapter presents methods using our profile-profile alignment server FORTE and the PoSSuM ligand-binding site database for prediction of the structure and potential ligand-binding sites of structure-unknown and function-unknown proteins, aimed at protein function prediction.