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グローバル髄膜炎ゲノムパートナーシップ
The global meningitis genome partnership.
PMID: 32615197 DOI: 10.1016/j.jinf.2020.06.064.
抄録
細菌性髄膜炎病原体のゲノムサーベイランスは、世界的に効果的な疾病管理を行うために不可欠であり、新興・拡大する菌株を特定し、その結果として公衆衛生上の介入を可能にしています。全ゲノムシークエンシングの利用が増加していますが、これは、十分なキャパシティとリソースを持つ一部の国が中心となっています。特に疾病負荷の高い低・中所得国においては、サーベイランスに参加するための世界的な能力を拡大する必要があります。これを踏まえ、WHOが主導する共同研究「Defeat Meningitis by Meningitis by 2030 Global Roadmap」では、以下のようなリソースをリンクさせた「グローバル髄膜炎ゲノムパートナーシップ」の設立を呼びかけています。N. meningitidis (Nm)、S. pneumoniae (Sp)、H. influenzae (Hi)、S. agalactiae (Sa) のリソースをリンクさせ、菌株の同定と追跡の世界的な調整を改善するためのグローバル・メニング炎ゲノム・パートナーシップの設立を呼びかけています。関連するゲノムを含む既存のプラットフォームには以下のものがあります。PubMLST: Nm (31,622), Sp (15,132), Hi (1935), Sa (9026); The Wellcome Sanger Institute.Nm (13,711), Sp (>24,000), Sa (6200), Hi (1738); および BMGAP.Nm(8785), Hi(2030)。イニシアチブを調整し、質の高いデータのキュレーションを奨励するための運営グループが設立されている。次のステップとしては、ゲノムデータのオープンアクセス共有に関するガイドラインの策定、メタデータのコアセットの定義、公開されているデータを表現するユーザーフレンドリーなインターフェースの開発の促進などが挙げられる。
Genomic surveillance of bacterial meningitis pathogens is essential for effective disease control globally, enabling identification of emerging and expanding strains and consequent public health interventions. While there has been a rise in the use of whole genome sequencing, this has been driven predominately by a subset of countries with adequate capacity and resources. Global capacity to participate in surveillance needs to be expanded, particularly in low and middle-income countries with high disease burdens. In light of this, the WHO-led collaboration, Defeating Meningitis by 2030 Global Roadmap, has called for the establishment of a Global Meningitis Genome Partnership that links resources for: N. meningitidis (Nm), S. pneumoniae (Sp), H. influenzae (Hi) and S. agalactiae (Sa) to improve worldwide co-ordination of strain identification and tracking. Existing platforms containing relevant genomes include: PubMLST: Nm (31,622), Sp (15,132), Hi (1935), Sa (9026); The Wellcome Sanger Institute: Nm (13,711), Sp (> 24,000), Sa (6200), Hi (1738); and BMGAP: Nm (8785), Hi (2030). A steering group is being established to coordinate the initiative and encourage high-quality data curation. Next steps include: developing guidelines on open-access sharing of genomic data; defining a core set of metadata; and facilitating development of user-friendly interfaces that represent publicly available data.
Copyright © 2020 The Authors. Published by Elsevier Ltd.. All rights reserved.