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豚の生殖・呼吸器症候群ウイルス：2016年から2017年までのアイルランド共和国で循環している株の系統解析
Porcine reproductive and respiratory syndrome virus: phylogenetic analysis of circulating strains in the Republic of Ireland from 2016 to 2017.
PMID: 32594320 DOI: 10.1007/s00705-020-04710-7.
抄録
現在アイルランド共和国（ROI）で流通している豚の生殖・呼吸器症候群ウイルス（PRRSV）株の遺伝的多様性を調べるために、4つのワクチン接種商業牛群に由来する17の圃場株から得られたORF5遺伝子を配列決定し、系統解析を行った。ヌクレオチドレベル（86.3-95.2％）とアミノ酸レベル（85.5-96％）において、農場間で高い遺伝的変動が観察されました。系統解析の結果、すべての圃場株はヨーロッパ種（タイプ1）に属し、サブタイプ1のサブグループ内で3つの別々のグループに分類されていることが確認された。この変異は、ROIにおけるPRRSVの診断とワクチン接種による予防的防除に課題をもたらす可能性がある。
In order to investigate the genetic diversity of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) strains currently circulating in the Republic of Ireland (ROI), the ORF5 gene from 17 field strains originating from four vaccinating commercial herds was sequenced and phylogenetically analysed. High genetic variability was observed between farms at the nucleotide (86.3-95.2%) and amino acid (85.5-96%) levels. Phylogenetic analysis confirmed that all field strains belonged to the European species (type 1) and clustered into three separate groups within the subtype 1 subgroup. This variation may pose challenges for diagnosis and prophylactic control of PRRSV through vaccination in the ROI.