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人工呼吸器関連肺炎の原因となる病原体と抗生物質に対する耐性を迅速に同定するためのポイント・オブ・ケア・マルチプレックスPCRの有用性：観察研究
Usefulness of point-of-care multiplex PCR to rapidly identify pathogens responsible for ventilator-associated pneumonia and their resistance to antibiotics: an observational study.
PMID: 32586347 PMCID: PMC7316635. DOI: 10.1186/s13054-020-03102-2.
抄録
背景:
人工呼吸器関連肺炎（VAP）患者の病原体およびその耐性機構の同定までの時間を短縮するためにマルチプレックスPCRを使用することは魅力的であるが、あまり研究されていない。マルチプレックスPCR法を用いたUnyvero肺炎カートリッジアッセイは，VAPの原因菌の中で最も頻度の高い20種の細菌と1種の真菌，および臨床検体（気管支肺胞ラバージまたは気管吸引液）中の19種の耐性マーカーを直接同定することができ，4～5時間のターンアラウンドタイムで解析が可能である．本研究では，VAP 患者における病原体およびその耐性機序を同定するために，マルチプレックス PCR 法を用いた Unyvero 肺炎カートリッジアッセイと従来の微生物学的手法との一致性を評価した．
BACKGROUND: The use of multiplex PCR to shorten time to identification of pathogens and their resistance mechanisms for patients with ventilator-associated pneumonia (VAP) is attractive, but poorly studied. The multiplex PCR-based Unyvero pneumonia cartridge assay can directly identify 20 bacteria and one fungus, amongst the most frequently causing VAP, and 19 of their resistance markers in clinical specimens (bronchoalveolar lavage or tracheal aspirate), with a turnaround time of 4-5 h. We performed this study to evaluate the concordance between the multiplex PCR-based Unyvero pneumonia cartridge assay and conventional microbiological techniques to identify pathogens and their resistance mechanisms in patients with VAP.
方法:
気管支肺胞液（BALF）を用いた気管支ファイバーオプティック気管支鏡検査を受け、BALF顕微鏡検査で細胞内細菌が検出されたVAPが疑われる全患者（2016年1月～2019年1月）を対象とした。BALFの通常培養（ゴールドスタンダード），抗菌薬感受性検査，Unyvero肺炎カートリッジの処理を行った．培養とUnyveroの結果を比較した。
METHODS: All patients suspected of having VAP (January 2016 to January 2019), who underwent fiberoptic bronchoscopy with bronchoalveolar lavage fluid (BALF) and whose BALF microscopy examination revealed intracellular bacteria, were included. BALF conventional cultures (gold standard), antimicrobial susceptibility testing and processing for the Unyvero pneumonia cartridge were done. Culture and Unyvero results were compared.
結果:
両方の技術で処理された93検体の培養を比較すると、Unyveroは68検体（73％）のVAPエピソードで病原体を正しく識別し、25検体（27％）では不一致、11検体では病原体が検出されず、6検体では検出されなかった病原体が過剰に検出されました。残りの8つの不一致の結果については、VAPの原因となった病原体がUnyveroカートリッジパネルに含まれていなかったか、培養中に有意でないレベルで増殖していたことがわかりました。観察された31件（33％）の耐性メカニズムの不一致のうち、22件は耐性検出の失敗、24件は緑膿菌に関するものでした。
RESULTS: Compared to cultures of the 93 samples processed for both techniques, Unyvero correctly identified pathogens in 68 (73%) proven VAP episodes, was discordant for 25 (27%), detected no pathogen in 11 and overdetected a not otherwise found pathogen in six. For the eight remaining discordant results, the pathogen responsible for VAP was not included in the Unyvero cartridge panel or it grew at a non-significant level in culture. Amongst the 31 (33%) resistance mechanism discordances observed, 22 were resistance detection failures and 24 concerned Pseudomonas aeruginosa.
結論:
従来の微生物培養と比較して、ウニベロ肺炎カートリッジの診断性能は劣っており、VAP症例の73％と67％で病原体とその耐性機構を正しく同定した。耐性機序に関する性能の低さは、検出された病原体が緑膿菌である場合に顕著であった。
CONCLUSIONS: Compared to conventional microbiological cultures, the Unyvero pneumonia cartridge had poor diagnostic performance: it correctly identified pathogens and their resistance mechanisms in 73% and 67% of VAP cases, respectively. The lack of performance on the resistance mechanism was more pronounced when the pathogen detected was a Pseudomonas aeruginosa.