MinIONとIllumina MiSeqシークエンスで得られた8種の野鳥分離株のクローズドゲノム配列と抗菌薬耐性プロファイル

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Microbiol Resour Announc.2020 Jun;9(25). e00228-20. doi: 10.1128/MRA.00228-20.Epub 2020-06-18.

MinIONとIllumina MiSeqシークエンスで得られた8種の野鳥分離株のクローズドゲノム配列と抗菌薬耐性プロファイル

Closed Genome Sequences and Antimicrobial Resistance Profiles of Eight Wild Bird Isolates Obtained with MinION and Illumina MiSeq Sequencing.

Sohail Naushad
Marc-Olivier Duceppe
Andrée Ann Dupras
Ruimin Gao
Dele Ogunremi

PMID: 32554786 PMCID: PMC7303406. DOI: 10.1128/MRA.00228-20.

抄録

カナダの野鳥から分離された8種のsubsp.の完全ゲノム配列をMinIONおよびIllumina MiSeqシークエンシングにより決定した。染色体の平均サイズは4,833,662bpであった。ウズラとウズラから分離されたWorthingtonは267kbのプラスミドを持ち、複数の抗菌薬耐性遺伝子を含んでいた。

Complete genome sequences of eight isolates of subsp. from Canadian wild birds were determined by MinION and Illumina MiSeq sequencing. Assembled chromosomes had an average size of 4,833,662 bp. serovar Worthington obtained from partridge and quail carried 267-kb plasmids, which contained multiple antimicrobial resistance genes.