gen.nov. gen.nov.、sp.nov.、オニヒトデから分離され、属com.nov.属に属するものとして再分類すべきである

gen. nov., sp. nov., isolated from the starfish and reclassification of as a member of the genus comb. nov.

• Keisuke Kawano
• Natsumi Ushijima
• Minoru Kihara
• Hideomi Itoh

抄録

KK4 は、北海道沖の海水から採取したヒトデの表面から分離された海洋細菌です。KK4株はグラム染色陰性の非胞子形成性の棒状好気性細菌であり，黄色色素のコロニーを形成しています。16S rRNAの遺伝子配列をもとに系統関係を解析した結果、菌株KK4はIMCC12008、IMCC3101およびKMM3912と近縁であり、それぞれ96.9、95.8および95.6"Zs_200A"%の類似度を示したが、他の属の中では配列類似度が低い（94"Zs_200A"%未満）ことが明らかになった。KK4株と3つのタイプの株との間の平均塩基同一性とデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション値に基づくゲノム類似度は、種の区別基準値よりも低かった。さらに，ゲノム配列に基づく系統樹から，KK4株はIMCC12008株にクラスター化され，属名，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，，の型株を含むクラスターから独立した枝を形成していることがわかった。菌株KK4とIMCC12008との間のアミノ酸同一性は61.9-68.2%および61.5-67.4"Zs_200A"%であり、これは菌株KK4が新規な属名であることを示唆しています。KK4株はpH6.0～9.0、4～30℃のNaCl濃度で0.5～5.0"Zs_200A"%で生育し、pH7.0、25℃および3.0"Zs_200A"%で最適に生育した。株とは異なり、KK4株はグルコース、マンノース、ガラクトースおよびアセテートを同化することができた。主要なキノンおよび脂肪酸は、それぞれメナキノン-6およびiso-C (27.5"Zs_200A"%)、iso-C G (22.5"Zs_200A"%)およびiso-C 3-OH (12.8"Zs_200A"%)であった。遺伝学的、系統学的および表現型学的特性から、KK4株は同属の新種であり、gen. nov.型株はKK4 (=JCM 33344=KCTC 72225)である。また，現在のデータに基づいて，comb. nov.

A marine strain, designated KK4, was isolated from the surface of a starfish, , which was collected from seawater off the coast of Hokkaido, Japan. Strain KK4 is a Gram-stain-negative, non-spore-forming, rod-shaped, aerobic bacterium that forms yellow-pigmented colonies. A phylogenetic relationship analysis, based on 16S rRNA gene sequences, revealed that strain KK4 was closely related to IMCC12008, IMCC3101 and KMM 3912, with similarities of 96.9, 95.8 and 95.6 %, respectively, but low sequence similarities (<94 %) among other genera in the family . Genomic similarities between strain KK4 and the three type strains based on average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values were lower than the species delineation thresholds. Moreover, phylogenetic tree based on genome sequences showed that strain KK4 was clustered with IMCC12008 and formed a branch independent from the cluster including type species of the genera , , , and . Amino acid identity values between strain KK4/ IMCC12008 and the neighbour type species/strains were 61.9-68.2% and 61.5-67.4 %, which were lower than the genus delineation threshold, implying the novel genus status of strain KK4. Strain KK4 growth occurred at pH 6.0-9.0, 4-30 °C and in NaCl concentrations of 0.5-5.0 %, and optimally at pH 7.0, 25 °C and 3.0 %, respectively. Unlike strains, strain KK4 could assimilate glucose, mannose, galactose and acetate. The major quinone and fatty acids were menaquinone-6 and iso-C (27.5 %), iso-C G (22.5 %) and iso-C 3-OH (12.8 %), respectively. Based on genetic, phylogenetic and phenotypic properties, strain KK4 represents a novel species of the genus , for which the name gen. nov., sp. nov. is proposed. The type strain is KK4 (=JCM 33344=KCTC 72225). In addition, based on the current data, should be reclassified as comb. nov.