ブラジル南部のイノシシから回収されたイノシシサーコウイルス3の完全ゲノム解析

Complete genome characterization of porcine circovirus 3 recovered from wild boars in Southern Brazil.

• Ana Paula Muterle Varela
• Márcia Regina Loiko
• Juliana da Silva Andrade
• Caroline Tochetto
• Samuel Paulo Cibulski
• Diane Alves Lima
• Matheus Nunes Weber
• Paulo Michel Roehe
• Fabiana Quoos Mayer

抄録

本研究では、ブラジル南部のイノシシリンパ節から回収されたヤマアラシサーコウイルス3（PCV3）の完全塩基配列を記載した。PCV3-wb/Br/RSと名付けられたフルゲノムは、2,000ヌクレオチドで構成され、遺伝子間領域にステムループモチーフを持つ2つのオープンリーディングフレーム（ORF）を持つ。これらのORFは逆向きに配置されており、キャプシド（Cap）とレプリカーゼ（Rep）をコードしている。アミノ酸モチーフ解析の結果、PCV3-wb/Br/RSとイノシシ由来の配列のほとんどがPCV3bに分類された。データベースに登録されている97のPCV3配列を用いて系統解析を行った結果、PCV3-wb/Br/RSゲノムはスペイン、中国、ドイツ、デンマークで回収されたゲノムとの関連性が高いことが明らかになった。また，PCV3-wb/Br/RSと他のサーコウイルスとの系統推論から，これらのサーコウイルスはコウモリ関連サーコウイルスとの共通祖先を持つと考えられることが確認された．さらに，ブラジル南部の80頭のイノシシのコホートを対象に，PCV3感染をリアルタイムPCR法で調べた．その結果、29頭（36.3％）がPCV3陽性であったことから、ブラジル南部のイノシシ集団ではPCV3が循環していると結論づけられた。イノシシにおける PCV3 に類似した感染症が果たす役割と、その地域での商業用豚生産に及ぼすリスクについては、今後さらに調査が必要である。

In the present study, the complete nucleotide sequence of porcine circovirus 3 (PCV3) recovered from wild boars lymph nodes is described. The full genome was named PCV3-wb/Br/RS and comprises 2,000 nucleotides with two open reading frames (ORFs) with a stem-loop motif in intergenic region. The ORFs are oriented in opposite directions and encode the putative capsid (Cap) and replicase (Rep) proteins. Based on amino acid motif analysis, PCV3-wb/Br/RS as well as most of the sequences from wild boars are classified as PCV3b. Phylogenetic analysis including 97 PCV3 sequences available in databases showed that the PCV3-wb/Br/RS genome is more closely related to genomes recovered in Spain, China, Germany and Denmark. Phylogenetic inferences among PCV3-wb/Br/RS and other circoviruses confirmed that these seem to have a most recent common ancestor with bat-associated circoviruses. In addition, PCV3 infection was investigated by real-time PCR in a cohort of 80 wild boars in Southern Brazil. A total of 29 animals (36.3%) were PCV3-positive leading the conclusion that PCV3 is circulating in the wild boar population in Southern Brazil. The role played by PCV3-like infections in wild boars and the risk these could pose to commercial swine production within that region remains to be further investigated.

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