GLASSGo in Galaxy：ハイスループットで再現性が高く、統合しやすいsRNAホモログの予測

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Bioinformatics.2020 Jun;btaa556. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa556.Epub 2020-06-03.

GLASSGo in Galaxy：ハイスループットで再現性が高く、統合しやすいsRNAホモログの予測

GLASSGo in Galaxy: high-throughput, reproducible and easy-to-integrate prediction of sRNA homologs.

Richard A Schäfer
Steffen C Lott
Jens Georg
Björn A Grüning
Wolfgang R Hess
Björn Voß

PMID: 32492127 DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa556.

抄録

モチベーション:

細菌のsRNAホモログを正確に予測することは、比較ゲノミクスに基づく多くの下流の解析の前提条件ですが、そのようなホモログの長さが短く、明確な不均一性があるため、しばしば困難を伴います。GLASSGoは、単一の入力クエリからsRNAホモログを予測するための効率的なツールです。このアルゴリズムをより広いコミュニティで利用できるようにするために、Dockerコンテナとフリーアクセスのウェブサービスを提供しています。非コンピュータ科学者にとっては、ウェブサービスはユーザーフレンドリーなインターフェースを提供しています。しかし、これまでのところ、バッチ処理やバージョン管理、互換性のあるソフトウェアアプリケーションとの直接対話など、ワークフロー管理システムが提供できる機能が不足していました。

MOTIVATION: The correct prediction of bacterial sRNA homologs is a prerequisite for many downstream analyses based on comparative genomics, but it is frequently challenging due to the short length and distinct heterogeneity of such homologs. GLASSGo is an efficient tool for the prediction of sRNA homologs from a single input query. To make the algorithm available to a broader community, we offer a Docker container along with a free-access web service. For non-computer scientists, the web service provides a user-friendly interface. However, capabilities were lacking so far for batch processing, version control, and direct interaction with compatible software applications as a workflow management system can provide.

結果:

ここでは、ワークフロー管理システムGalaxyに完全に組み込まれたGLASSGo 1.5.2のアップデート版を紹介します。改良されたバージョンでは、上流領域を抽出するための新機能が追加され、保存されたプロモーター要素の検索が可能になりました。さらに、旧式のGI番号の代わりにアクセッション番号の使用をサポートしており、ツールの適用範囲を広げています。

RESULTS: Here we present GLASSGo 1.5.2, an updated version that is fully incorporated into the workflow management system Galaxy. The improved version contains a new feature for extracting the upstream regions, allowing the search for conserved promoter elements. Additionally, it supports the use of accession numbers instead of the outdated GI numbers, which widens the applicability of the tool.

利用可能性:

GLASSGoはMITライセンスのもと、https://github.com/lotts/GLASSgo/ で入手可能で、説明書とアプリケーションデータが付属しています。さらに、Galaxy ToolShedを使ってGalaxyのインスタンスにインストールすることができます。

AVAILABILITY: GLASSGo is available at https://github.com/lotts/GLASSgo/ under the MIT license and is accompanied by instruction and application data. Furthermore, it can be installed into any Galaxy instance using the Galaxy ToolShed.