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耳介類肺虫の糞便および鼻腔スワブ検出のための新しい定量的リアルタイムPCR診断アッセイ、
A novel quantitative real-time PCR diagnostic assay for fecal and nasal swab detection of an otariid lungworm, .
PMID: 32489853 PMCID: PMC7256429. DOI: 10.1016/j.ijppaw.2020.04.012.
抄録
アシカ肺虫としても知られているmetastrongyloid線虫は、カリスマ的なカリフォルニアアシカのような耳介類の宿主に感染し、気管支間質性肺炎、呼吸窮迫、泳ぐ、ダイビングや狩りの能力を低下させ、その結果、特に若い動物の死亡率を増加させる原因となります。呼吸器疾患は、太平洋沿岸での座礁やリハビリテーションセンターへの入院の主な原因となっています。GalaxyのRepeatExplorerを使用して解析した4人の個体の低カバレッジのゲノムシークエンシングにより、糞便または喀痰サンプルから感染症を診断するための感度の高い定量PCR（qPCR）アッセイを設計するために採用した新規のリピートDNAファミリーが同定されました。このアッセイでは、わずか 10fg の DNA を検出し、標準曲線を使用して開発された線形回帰モデルを使用して、サンプル中の DNA 濃度を ± 0.015ng 推定することができます。この知識は寄生虫の負担レベルを推定するために活用でき、リハビリテーション中の動物のための改善された治療法を設計するために使用することができます。感染症の治療を改善することで、より多くの動物を野生に戻すことができるようになります。
also known as sea lion lungworm, is a metastrongyloid nematode that infects otariid hosts, such as the charismatic California sea lion, causes bronchointerstitial pneumonia, respiratory distress, reduced ability to swim, dive and hunt and as a result, increased mortality particularly in young animals. Respiratory disease is a leading cause of stranding and admission to rehabilitation centers on the Pacific coast. Low-coverage genomic sequencing of four individuals analyzed through Galaxy's RepeatExplorer identified a novel repeat DNA family we employed to design a sensitive quantitative PCR (qPCR) assay for diagnosing infections from fecal or sputum samples. The assay detects as little as 10 fg of DNA and a linear regression model developed using a standard curve can be used to estimate the concentration of DNA in a sample, ± 0.015 ng. This knowledge can be leveraged to estimate the level of parasite burden, which can be used to design improved treatments for animals in rehabilitation. Improved treatment of infections will aid in more animals being successfully released back into the wild.
© 2020 The Authors.