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sp. nov, タイの根から分離された内生放線菌
sp. nov., an endophytic actinomycete isolated from the root of in Thailand.
PMID: 32375984 DOI: 10.1099/ijsem.0.004170.
抄録
イネ科植物の根から分離された内生放線菌3MP-10株を多面的なアプローチで分類学的に検討した。全細胞加水分解物中にはll-ジアミノピメリン酸，グルコース，リボースが検出された。属に属し、16S rRNA遺伝子配列解析結果からDSM 42101（98.9"Zs_200A"%）やJCM 16909（98.6"Zs_200A"%）と近縁であった。主要なメナキノンはMK-10(H)、MK-10(H)、MK-9(H)であった。主な細胞性脂肪酸は、isoC、anteiso-C、anteiso-Cであった。検出されたリン脂質は、ジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトールマンノシド、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロールであった。ストレイン3MP-10のゲノムサイズは7.2Mb、ゲノムG+C含量は73.4mol%であった。ゲノムベースの類似性解析の結果、DSM 42101およびJCM 16909と比較して、ANIbは84.94および84.77"Zs_200A"%、ANImは88.01および87.92"Zs_200A"%、dDDHは29.9および29.6"Zs_200A"%であった。ポリファシス法、デジタルDNA-DNA関連性、平均ヌクレオチド同一性から、この放線菌は3MP-10型株(=JCM 33328=TISTR 2646)の新種であることが示唆された。
An endophytic actinomycete, strain 3MP-10, isolated from the root of was taxonomically studied based upon polyphasic approaches. This strain formed spiral spore chains on aerial mycelia. ll-Diaminopimelic acid, glucose and ribose were found in the whole-cell hydrolysates. It belonged to the genus and was closely related to DSM 42101 (98.9 %) and JCM 16909 (98.6 %) based on 16S rRNA gene sequence analysis results. The major menaquinones were MK-10(H), MK-10(H) and MK-9(H). The predominant cellular fatty acids were isoC, anteiso-C and anteisoC. The detected phospholipids were diphosphatidylglycerol, phosphatidylinositol mannoside, phosphatidylinositol, phosphatidylethanolamine and phosphatidylglycerol. Strain 3MP-10 had a genome size of 7.2 Mb with a genome G+C content of 73.4 mol%. Results of genome-based similarity analysis revealed ANIb values of 84.94 and 84.77 %, ANIm values of 88.01 and 87.92 %, and dDDH values of 29.9 and 29.6 % when compared with DSM 42101 and JCM 16909, respectively. Based on the polyphasic approach, digital DNA-DNA relatedness and average nucleotide identity, we propose that the novel actinomycete represents a novel species, , with type strain 3MP-10 (=JCM 33328=TISTR 2646).