イネの根圏土壌から分離された新規放線菌 sp

sp. nov., a novel actinobacterium isolated from rhizosphere soil of rice ( L.).

• Chenxu Li
• Peng Cao
• Mengqi Jiang
• Yifan Hou
• Chuanjiao Du
• Wensheng Xiang
• Junwei Zhao
• Xiangjing Wang

抄録

中国北東部黒竜江省ハルビン市の東北農業大学から採取したイネ（L. ）の根圏土壌から、グラム染色陽性で非可溶性のクリーム白色放線菌であり、初等分枝性桿菌のライフサイクルを有する菌体を分離し、多相的アプローチにより分類学的状況を検討した。16S rRNAの遺伝子配列を調べた結果、NEAU-CX67株は本属に属し、DSM 44675、NEAU-ML12、JCM 11308とクラスターを形成していた（それぞれ98.3、98.1、97.7％の遺伝子配列類似度）。主な脂肪酸はC、10-メチルC、Cω9、Cω7であった。極性脂質はジホスファチジルグリセロール、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルイノシトールマンノシドであった。主要なイソプレノイドキノンはMK-8(H)であった。全細胞加水分解物には、-ジアミノピメル酸が含まれていた。全細胞加水分解物から診断糖としてアラビノース、ガラクトース、リボースが検出された。ミコール酸が検出された。株NEAU-CX67のゲノムDNA G+C含量は64.6mol%であった。NEAU-CX67株は、DSM 44675（92.1および45.4"Zs_200A"%）およびJCM 11308（81.9および24.4"Zs_200A"%）との平均ヌクレオチド同一性およびデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション値が低かった。系統解析、遺伝子型解析、生理学的解析および化学的軸索学的解析の結果から、NEAU-CX67株は本属の新種であると考えられ、sp.型菌はNEAU-CX67株（=DSM 107701=CCTCC AB 2018233）である。

A Gram-stain-positive, non-motile, creamy-white actinobacterium, which has an elementary branching rod-coccus life cycle was isolated from the rhizosphere soil of rice ( L.) collected from Northeast Agricultural University in Harbin, Heilongjiang province, north-east PR China, and its taxonomic status was examined by using a polyphasic approach. Results from the 16S rRNA gene sequence study showed that the isolate, designated strain NEAU-CX67, belonged to the genus and formed a cluster with DSM 44675, NEAU-ML12 and JCM 11308 (98.3, 98.1 and 97.7% gene sequence similarity, respectively). The major fatty acids were C, 10-methyl C, C ω9 and C ω7. The polar lipids were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylinositol and phosphatidylinositol mannoside. The major isoprenoid quinone was MK-8(H). Whole-cell hydrolysates contained -diaminopimelic acid. Arabinose, galactose and ribose were detected as diagnostic sugars from whole-cell hydrolysates. Mycolic acids were detected. The genomic DNA G+C content of strain NEAU-CX67 was 64.6 mol%. Strain NEAU-CX67 exhibited low average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values with DSM 44675 (92.1 and 45.4 %) and JCM 11308 (81.9 and 24.4 %). On the basis of results of phylogenetic, genotypic, physiological and chemotaxonomic analysis, strain NEAU-CX67 is considered to represent a novel species of the genus for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is NEAU-CX67 (=DSM 107701=CCTCC AB 2018233).