トリスベンズイミダゾールホスホロアミダイトビルディングブロックは、RNA切断オリゴヌクレオチドコンジュゲートの高収率合成を可能にします

A Trisbenzimidazole Phosphoramidite Building Block Enables High-Yielding Syntheses of RNA-Cleaving Oligonucleotide Conjugates.

• Felix Zellmann
• Michael W Göbel

抄録

RNA切断触媒トリス（2-アミノベンズイミダゾール）は、オリゴヌクレオチドの5'末端に付着すると、相補的なRNA鎖を高度に部位特異的に切断する。以前は、触媒の活性エステルによるアミノリンカーのアシル化によって共役化が達成されていた。しかし、この方法は収率が低く、信頼性がありませんでした。ここでは、約85％の総収率で、手動の固相合成によってオリゴヌクレオチドに結合することができるホスホラミダイト構築ブロックが記載されています。この化学に基づいて、我々は現在、RNA切断コンジュゲートの速度と部位特異性に対するLNA（ロックされた核酸）ヌクレオチドの影響を研究しています。最高の反応速度と最も正確な切断は、触媒が強力な5'閉鎖塩基対に付着しているとき、そしてオリゴヌクレオチドがストランド内に等しく分布している複数のLNAユニットを含むときに期待できる。しかしながら、５'位置に配置された場合、ＬＮＡビルディングブロックは、ＲＮＡ切断の特異性を低下させる傾向がある。

The RNA cleaving catalyst tris(2-aminobenzimidazole) when attached to the 5' terminus of oligonucleotides cuts complementary RNA strands in a highly site-specific manner. Conjugation was previously achieved by the acylation of an amino linker by an active ester of the catalyst. However, this procedure was low yielding and not reliable. Here, a phosphoramidite building block is described that can be coupled to oligonucleotides by manual solid phase synthesis in total yields around 85%. Based on this chemistry, we have now studied the impact of LNA (locked nucleic acids) nucleotides on the rates and the site-specificities of RNA cleaving conjugates. The highest reaction rates and the most precise cuts can be expected when the catalyst is attached to a strong 5' closing base pair and when the oligonucleotide contains several LNA units that are equally distributed in the strand. However, when placed in the 5' position, LNA building blocks tend to diminish the specificity of RNA cleavage.