エピトープワクチンデザインのための病原性生物からの可変性フリーのリファレンスプロテオームの生成

Generation of Variability-Free Reference Proteomes from Pathogenic Organisms for Epitope-Vaccine Design.

• Jose L Sanchez-Trincado
• Pedro A Reche

抄録

多くの病原体は、以前に存在した免疫応答から逃れることを可能にする新しい変異体へと急速に進化する固有の能力を持っている。ワクチン設計戦略は、病原体の保存された抗原領域を標的にして、このような変異を打ち消すことを目的としなければなりません。配列可変性解析により、関連する抗原の複数の配列アラインメントから保存領域を特定することができます。本章では、エピトープ・ワクチンデザインのための可変性のないプロテオームを構築するための詳細なプロトコルとソフトウェアについて説明します。ヒトヘルペスウイルス1(HHV1)について説明しますが、この手順では、タンパク質クラスターの同定、複数配列のアラインメント、シャノン可変性計算が行われます。可変性のないプロテオームを構築するために必要なソフトウェアは http://imed.med.ucm.es/software/mmb2019 から入手可能です。

Many pathogenic organisms have an inherent ability to rapidly evolve into new variants, which enables them to escape previously existing immune responses. Vaccine design strategies should be aimed to counteract such variability, targeting the conserved antigen regions of the pathogen. Sequence variability analysis allows the identification of conserved regions upon multiple sequence alignments of the relevant antigens. In this chapter, we describe a detailed protocol and provide software to build variability-free proteomes for epitope-vaccine design. The procedure, which will be illustrated for human herpesvirus 1 (HHV1), involves the identification of protein clusters, followed by multiple sequence alignments and Shannon variability calculations. The software required to build variability-free proteomes is available at http://imed.med.ucm.es/software/mmb2019 .