噛んだ白樺ピッチから得られた5700年前のヒトゲノムと口腔内マイクロバイオーム

A 5700 year-old human genome and oral microbiome from chewed birch pitch.

• Theis Z T Jensen
• Jonas Niemann
• Katrine Højholt Iversen
• Anna K Fotakis
• Shyam Gopalakrishnan
• Åshild J Vågene
• Mikkel Winther Pedersen
• Mikkel-Holger S Sinding
• Martin R Ellegaard
• Morten E Allentoft
• Liam T Lanigan
• Alberto J Taurozzi
• Sofie Holtsmark Nielsen
• Michael W Dee
• Martin N Mortensen
• Mads C Christensen
• Søren A Sørensen
• Matthew J Collins
• M Thomas P Gilbert
• Martin Sikora
• Simon Rasmussen
• Hannes Schroeder

抄録

古代ゲノミクスの台頭は人類の先史時代の理解に革命をもたらしたが、この研究は適切なサンプルが入手できるかどうかにかかっている。ここでは、デンマークで採取された5700年前の白樺のピッチを噛み砕いたものから、古代ヒトゲノムと口腔内微生物の完全な配列決定を行ったものを紹介します。ヒトゲノムを平均2.3倍の深さに配列し、白樺のピッチを噛んだ個体は女性であり、スカンジナビア中部の狩猟採集民よりもヨーロッパ本土の西部の狩猟採集民に遺伝的に近いことを発見した。また、彼女の肌は黒褐色で、髪は黒褐色、目は青色であった可能性が高い。さらに、エプスタインバーウイルスを含むいくつかの細菌やウイルスのDNA断片、動物や植物のDNAを同定し、最近の食事に由来する可能性があることを明らかにした。これらの結果は、古代のDNA源としての白樺のピッチを噛んだものの可能性を強調している。

The rise of ancient genomics has revolutionised our understanding of human prehistory but this work depends on the availability of suitable samples. Here we present a complete ancient human genome and oral microbiome sequenced from a 5700 year-old piece of chewed birch pitch from Denmark. We sequence the human genome to an average depth of 2.3× and find that the individual who chewed the pitch was female and that she was genetically more closely related to western hunter-gatherers from mainland Europe than hunter-gatherers from central Scandinavia. We also find that she likely had dark skin, dark brown hair and blue eyes. In addition, we identify DNA fragments from several bacterial and viral taxa, including Epstein-Barr virus, as well as animal and plant DNA, which may have derived from a recent meal. The results highlight the potential of chewed birch pitch as a source of ancient DNA.