日本語AIでPubMedを検索
キチナーゼ活性とリゾチーム活性を有するタンパク質ICChIの構造におけるTIMバレルフォールドと糖鎖部位の解析
TIM barrel fold and glycan moieties in the structure of ICChI, a protein with chitinase and lysozyme activity.
PMID: 31790908 DOI: 10.1016/j.phytochem.2019.112221.
抄録
ICChIは、雑草であるIpomoea carneaのラテックスから単離された35kDaの糖鎖タンパク質である。ICChIはキチナーゼ活性とリゾチーム活性を示し、病原性真菌、昆虫、細菌に対する防御に重要な役割を果たしていると考えられる。ICChI酵素を結晶化し、単結晶から1.42Å分解能の回折データを収集した。結晶は原始正方晶空間群P422に属し、単位セルパラメータa=b=57.9、c=172.0Å、α=β=γ=90°であった。ICChIのN末端配列から3つの相同構造の混合モデルを用いて、分子置換法により構造を解明した。精製されたモデルは272アミノ酸残基からなり、Rは18.93%、Rは22.42%であった。α／β）トリオセホスフェート異性化酵素バレルフォールドを有する単一球状ドメインからなる。Ｎ-グリコシル化のための３つのコンセンサスサイト、すなわち、Ｎ-アセチルグルコサミン（ＮＡＧ）、マンノース、フコース、およびキシロースを含む炭水化物部位を含むＡｓｎ、Ａｓｎ、およびＡｓｎの３つのコンセンサスサイトが存在する。想定される触媒残基は、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、およびＴｙｒである。この結晶構造は、GH18ファミリーキチナーゼの基礎的な情報を提供するものと思われる。
The ICChI is a 35-kDa, glycosylated protein isolated from the latex of the weed Ipomoea carnea. It displays chitinase and lysozyme activity, which could be important for the defense against pathogenic fungi, insects and bacteria. The ICChI enzyme was crystallized, and a diffraction data set was collected from a single crystal to 1.42 Å resolution. The crystals belong to the primitive tetragonal space group P422, with unit-cell parameters a = b = 57.9, c = 172.0 Å, and α = β = γ = 90°. The structure was elucidated by molecular replacement method using a mixed model of three homologous structures from the N-terminal sequence of ICChI. The refined model consists of 272 amino acid residues and has a R of 18.93% and R of 22.42%. The protein consists of a single globular domain with a (α/β) triosephosphate isomerase barrel fold. Three of the consensus sites for N-glycosylation viz., Asn, Asn, and Asn containing carbohydrate moieties N-Acetylglucosamine (NAG), mannose, fucose, and xylose. The putative catalytic residues are Asp, Glu, and Tyr. The crystal structure may provide fundamental information of GH18 family chitinases.
Copyright © 2019 Elsevier Ltd. All rights reserved.