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次世代シークエンシングによる突然変異陰性先天性好中球減少症の遺伝的バリアントのスクリーニング
Screening of genetic variants in mutation negative congenital neutropenia by next generation sequencing.
PMID: 31732620 DOI: 10.1136/jclinpath-2019-206306.
抄録
AIMS:
先天性好中球減少症（CN）は、成熟した好中球の欠乏のために再発し、生命を脅かす細菌感染症を引き起こす稀な遺伝性疾患です。好中球減少症は通常ヘテロ接合性の突然変異によって引き起こされますが、他の遺伝子の突然変異も報告されています。原因となる突然変異を特定することは診断の確立に役立ち、自己免疫性細胞減少症や発生性無形成症のような好中球減少症の他の二次的な原因を除外することができます。我々は、遺伝子に変異のない好中球減少症患者の分子的欠陥を、カスタマイズされた遺伝子パネルを標的とした次世代シークエンシング（NGS）によって同定することを目的としています。
AIMS: Congenital neutropenia (CN) is a rare inherited disease that results in recurrent, life-threatening bacterial infections due to a deficiency of mature neutrophils. They are usually caused by heterozygous mutations although mutations in other genes like and have also been reported. Identifying the causative mutation aids in the establishment of diagnosis and rules out other secondary causes of neutropenia like autoimmune cytopenia and evolving aplasia. We aimed to identify the molecular defects in CN patients who had no mutations in gene, by next generation sequencing (NGS) targeting a customised panel of genes.
方法:
DNA サンプルは、社内でカスタマイズした遺伝子パネルを用いて、Illumina NextSeq シークエンサーを用いて、100×以上の深さでシークエンシングした。バイオインフォマティクス解析が実施され、段階的なフィルタリングと解析戦略を使用して、病原性バリアントが同定されました。特定された特定の変異は、その後、サンガーシークエンシングによって検証されました。
METHODS: DNA samples were sequenced with an Illumina NextSeq sequencer using an in-house customised panel of genes at ≥100× depth. Bioinformatics analysis was carried out and the pathogenic variants were identified using a stepwise filtering and analysis strategy. Specific mutations identified were subsequently validated by Sanger sequencing.
結果:
本研究で同定された病原性変異体には、（複合ヘテロ接合体c.258+2T>Cおよびc.1A>T）、（ヘテロ接合体c.1186C>T）、および（ヘミ接合体c.812T>C）、（ホモ接合体c.70G>A）、（ヘテロ接合体c.2893G>C）遺伝子の新規変異体が含まれています。
RESULTS: The pathogenic variants identified in the study includes previously reported variants in (compound heterozygous c.258+2T>C and c.1A>T), (heterozygous c.1186C>T) and novel variants in (hemizygous c.812T>C), (homozygous c.70G>A) and (heterozygous c.2893G>C) genes.
結論:
本研究は、突然変異がないからといってCNの診断が除外されるわけではないことを強調しており、このNGSベースのアプローチは、このような患者の診断確認に役立つであろう。CNは早期に発症し、臨床的重症度が高く、悪性化のリスクが高いことから、早期診断と治療介入の必要性を強く示唆している。
CONCLUSION: This study highlights that the absence of mutations does not rule out the diagnosis of CN and this NGS based approach with a customised panel will help in diagnostic confirmation in such patients. The early onset of the disease, clinical severity and associated high risk of malignant transformation in CN strongly suggests the need for early diagnosis and therapeutic intervention.
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