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イースタンウッドチャック（ ）のゲノム配列 - B型慢性肝炎の前臨床モデル動物
The Genome Sequence of the Eastern Woodchuck () - A Preclinical Animal Model for Chronic Hepatitis B.
PMID: 31645421 PMCID: PMC6893209. DOI: 10.1534/g3.119.400413.
抄録
イースタンウッドチャック（）は、ウッドチャック肝炎ウイルスへの感染がヒトのB型肝炎ウイルス感染とよく似ていることから、慢性B型肝炎や肝臓がんの研究に広く利用されています。新規な免疫療法アプローチの開発には、この動物モデルにおける免疫経路遺伝子の遺伝情報が必要である。ウッドチャックのゲノムは、Illumina社のペアエンド、マッチペアライブラリ、フォスミドプールシークエンシングの高カバー率全ゲノムショットガンシークエンシングを組み合わせて構築された。その結果、コンティグN50が74.5キロベース（kb）、足場N50が892kb、ゲノムの完全性が99.2%で、2.63ギガベース（Gb）のアセンブリが得られた。7つの異なる組織からのRNAシークエンス（RNA-seq）により、30,873個のタンパク質をコードする遺伝子がアノテーションされた。90％以上の遺伝子が機能的にアノテーションされており、そのうち82％がオープンリーディングフレームを含む。このゲノム配列とそのアノテーションは、B型慢性肝炎や肝細胞癌の研究をさらに進めることを可能にし、ウッドチャックの免疫応答の理解に貢献します。
The Eastern woodchuck () has been extensively used in research of chronic hepatitis B and liver cancer because its infection with the woodchuck hepatitis virus closely resembles a human hepatitis B virus infection. Development of novel immunotherapeutic approaches requires genetic information on immune pathway genes in this animal model. The woodchuck genome was assembled with a combination of high-coverage whole-genome shotgun sequencing of Illumina paired-end, mate-pair libraries and fosmid pool sequencing. The result is a 2.63 Gigabase (Gb) assembly with a contig N50 of 74.5 kilobases (kb), scaffold N50 of 892 kb, and genome completeness of 99.2%. RNA sequencing (RNA-seq) from seven different tissues aided in the annotation of 30,873 protein-coding genes, which in turn encode 41,826 unique protein products. More than 90% of the genes have been functionally annotated, with 82% of them containing open reading frames. This genome sequence and its annotation will enable further research in chronic hepatitis B and hepatocellular carcinoma and contribute to the understanding of immunological responses in the woodchuck.
Copyright © 2019 Alioto et al.