マルチオミクスによる軟体動物門の研究：生態系への応用から系統学的研究へのブレークスルーまで

Multi-omics investigations within the Phylum Mollusca, Class Gastropoda: from ecological application to breakthrough phylogenomic studies.

• Anne H Klein
• Kaylene R Ballard
• Kenneth B Storey
• Cherie A Motti
• Min Zhao
• Scott F Cummins

抄録

腹足類は軟体動物の中で最大かつ最も多様なクラスであり、分類学、養殖、バイオミネラリゼーション、生態学、マイクロバイオーム、健康の分野でよく研究されている種が含まれています。腹足類の研究は2000年代半ばから拡大しており、その主な要因は、次世代シークエンシングや質量分析による大規模なデータ統合により、転写物、タンパク質、代謝物を容易に系統的に探索できるようになったことにあります。一方で、膨大なデータは、データの整理、可視化、解釈に多大な複雑さをもたらしています。脊椎動物のゲノム情報を収集したデータベースである。現在公開されているデータを要約することで、将来の比較オミックス研究のための有用なデータ統合ツールや戦略を設計するための洞察を提示する。さらに、養殖、天然医薬品のバイオディスカバリー、害虫管理、環境ストレス要因の影響を監視するためのオミックスの将来的な応用についても議論する。

Gastropods are the largest and most diverse class of mollusc and include species that are well studied within the areas of taxonomy, aquaculture, biomineralization, ecology, microbiome and health. Gastropod research has been expanding since the mid-2000s, largely due to large-scale data integration from next-generation sequencing and mass spectrometry in which transcripts, proteins and metabolites can be readily explored systematically. Correspondingly, the huge data added a great deal of complexity for data organization, visualization and interpretation. Here, we reviewed the recent advances involving gastropod omics ('gastropodomics') research from hundreds of publications and online genomics databases. By summarizing the current publicly available data, we present an insight for the design of useful data integrating tools and strategies for comparative omics studies in the future. Additionally, we discuss the future of omics applications in aquaculture, natural pharmaceutical biodiscovery and pest management, as well as to monitor the impact of environmental stressors.

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