消化管マイクロバイオームの地域的多様性

Regional Diversity of the Gastrointestinal Microbiome.

抄録

健康や疾患における腸内微生物の役割は、容易に採取でき、微生物の多様性、密度、存在量が豊富な便から推測されることが多い。便の微生物分析は、腸全体の微生物集団を代表しているという信念に基づき、腸内細菌叢と宿主の健康や疾患との関係を決定する尺度として受け入れられてきた。しかし、各消化管（GIT）セグメントの機能的不均一性は、腸内微生物集団に地域差を生じさせる。ここでは、GITの吻側から尾側、すなわち口から肛門までの水平軸に沿った微生物ランドスケープに関する文献を要約する。特に小腸微生物叢の存在量と多様性に関する文献のギャップを明らかにし、宿主の健康と疾患における地域微生物叢の重要性を強調するとともに、この分野の研究を進める機会について議論することを目的とする。

The role of gut microbes in health and disease has often been surmised from stool, which is easily sampled and rich in microbial diversity, density, and abundance. Microbial analyses of stool have been accepted as measures to determine the relationship of gut microbiomes with host health and disease, based on the belief that it represents all microbial populations throughout the gut. However, functional heterogeneity of each gastrointestinal tract (GIT) segment gives rise to regional differences in gut microbial populations. Herein, we summarize the literature regarding the microbial landscape along the rostral to caudal, i.e., horizontal mouth to anus, axis of the GIT. We aim to identify gaps in the literature, particularly regarding small intestinal microbiota abundance and diversity, highlight the importance of regional microbiota on host health and disease, as well as discuss opportunities to advance this line of research.