根腐れ線虫 Pratylenchus penetrans に関連する新種のRNAウイルス（英文

A novel species of RNA virus associated with root lesion nematode Pratylenchus penetrans.

• Paulo Vieira
• Lev G Nemchinov

抄録

根腐れ線虫 Pratylenchus penetrans は、広範囲の植物を攻撃する移動性種である。P. penetrans のトランスクリプトームデータを解析する中で、我々は未知のポジティブセンス一本鎖 RNA ウイルスの全長ゲノムを同定した。8614ヌクレオチドのゲノム配列は、ピコルナビル科、イフラビル科、セコビル科のピコルナビル属に特徴的な保存ドメインを持つ単一の大きなポリタンパク質をコードしている。系統解析、BLAST解析およびドメイン検索の結果、RLNV1は新規種であり、最近同定されたテンサイ嚢線虫ウイルス1およびジャガイモ嚢線虫ピコルナ様ウイルスに最も近いことが明らかになった。DIG標識DNAプローブを用いたin situハイブリダイゼーションにより、線虫内にウイルスが存在することが確認された。ネガティブストランド特異的RT-PCRアッセイにより、線虫トータルRNAサンプル中にRLNV1 RNAが検出されたことから、P. penetransでウイルス複製が行われていることが示唆された。我々の知る限りでは、RLNV1 は Pratylenchus spp.

The root lesion nematode Pratylenchus penetrans is a migratory species that attacks a broad range of plants. While analysing transcriptomic datasets of P. penetrans, we have identified a full-length genome of an unknown positive-sense single-stranded RNA virus, provisionally named root lesion nematode virus 1 (RLNV1). The 8614-nucleotide genome sequence encodes a single large polyprotein with conserved domains characteristic for the families Picornaviridae, Iflaviridae and Secoviridae of the order Picornavirales. Phylogenetic, BLAST and domain search analyses showed that RLNV1 is a novel species, most closely related to the recently identified sugar beet cyst nematode virus 1 and potato cyst nematode picorna-like virus. In situ hybridization with a DIG-labelled DNA probe confirmed the presence of the virus within the nematodes. A negative-strand-specific RT-PCR assay detected RLNV1 RNA in nematode total RNA samples, thus indicating that viral replication occurs in P. penetrans. To the best of our knowledge, RLNV1 is the first virus identified in Pratylenchus spp.