甜菜嚢線虫のトランスクリプトーム配列から得られた新規ピコルナウイルス様ゲノムは、新属を代表するものである

A novel picornavirus-like genome from transcriptome sequencing of sugar beet cyst nematode represents a new putative genus.

• Jingyu Lin
• Rongjian Ye
• Thanuja Thekke-Veetil
• Margaret E Staton
• Prakash R Arelli
• Ernest C Bernard
• Tarek Hewezi
• Leslie L Domier
• M R Hajimorad

抄録

テンサイ嚢胞線虫（SBCN, Heterodera schachtii）の卵および第2期幼虫（J2）のトランスクリプトーム配列データを解析したところ，ポジティブセンス一本鎖RNAウイルスの全長ゲノムが同定された（仮名：テンサイ嚢胞線虫ウイルス1（SBCNV1））。SBCNV1の配列は、卵とJ2の両方で検出され、垂直伝播の可能性を示した。9503ヌクレオチドのゲノム配列には単一の長いオープンリーディングフレームが含まれており、そのアミノ末端に近接したピコルナウイルス構造タンパク質の保存ドメインと、カルボキシル末端に近接したRNAヘリカーゼ、システインプロテイナーゼ、RNA依存性RNAポリメラーゼ（RdRp）の保存ドメインを持つポリタンパク質をコードしていることが予測された。予測されたSBCNV1のRdRpアミノ酸配列の系統解析から、SBCNV1の配列は、線虫を媒介とする植物感染ウイルスの属を含むSecoviridaeのメンバーに最も近いことが示された。SBCNV1は、SBCNから初めて完全に配列決定されたウイルスゲノムを表しています。

Analysis of transcriptome sequence data from eggs and second-stage juveniles (J2s) of sugar beet cyst nematode (SBCN, Heterodera schachtii) identified the full-length genome of a positive-sense single-stranded RNA virus, provisionally named sugar beet cyst nematode virus 1 (SBCNV1). The SBCNV1 sequence was detected in both eggs and J2s, indicating its possible vertical transmission. The 9503-nucleotide genome sequence contains a single long open reading frame, which was predicted to encode a polyprotein with conserved domains for picornaviral structural proteins proximal to its amino terminus and RNA helicase, cysteine proteinase and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) conserved domains proximal to its carboxyl terminus, hallmarks of viruses belonging to the order Picornavirales. Phylogenetic analysis of the predicted SBCNV1 RdRp amino acid sequence indicated that the SBCNV1 sequence is most closely related to members of the family Secoviridae, which includes genera of nematode-transmitted plant-infecting viruses. SBCNV1 represents the first fully sequenced viral genome from SBCN.