DNAメチル化GrimAgeバージョン2

DNA methylation GrimAge version 2.

抄録

我々は以前、DNAメチル化（DNAm）に基づくヒトの死亡リスクのバイオマーカーについて述べた。ここでは、GrimAgeのバージョン2（40歳から92歳を対象）について述べる。このバージョン2では、DNAmに基づく血漿タンパク質の（対数変換された）2つの新しい推定値、高感度C反応性タンパク質（logCRP）とヘモグロビンA1C（logA1C）を利用している。我々は、9つの研究コホートにわたる13,399の血液サンプルでGrimAge2を評価した。年齢と性別で調整した後、GrimAge2は、複数の人種／民族グループにわたる死亡率の予測においてGrimAgeを上回った（メタP=3.6x10対P=2.6x10）。また、冠動脈性心疾患、肺機能測定FEV1（相関=-0.31、P=1.1x10）、脂肪肝疾患のコンピューター断層撮影に基づく測定値など、年齢に関連する疾患との関連においてGrimAgeを上回った。我々は、GrimAgeバージョン2が、若年者にも適用され、メタボリックシンドロームのマーカーを追跡する唾液サンプルにも適用されるという証拠を提示する。DNAm logCRPは罹患数と正の相関がある（P=1.3x10）。DNAm logA1Cは2型糖尿病と高い相関がある(P=5.8x10)。DNAm PAI-1は、トリグリセリド（cor=0.34、P=9.6x10）および内臓脂肪（cor=0.41、P=4.7x10）との相関において、GrimAge2を含む他の年齢調整DNAmバイオマーカーよりも優れていた。全体として、我々はGrimAgeバージョン2がヒトの死亡率と罹患リスクの魅力的なエピジェネティックバイオマーカーであることを実証した。

We previously described a DNA methylation (DNAm) based biomarker of human mortality risk . Here we describe version 2 of GrimAge (trained on individuals aged between 40 and 92) which leverages two new DNAm based estimators of (log transformed) plasma proteins: high sensitivity C-reactive protein (logCRP) and hemoglobin A1C (logA1C). We evaluate GrimAge2 in 13,399 blood samples across nine study cohorts. After adjustment for age and sex, GrimAge2 outperforms GrimAge in predicting mortality across multiple racial/ethnic groups (meta P=3.6x10 versus P=2.6x10) and in terms of associations with age related conditions such as coronary heart disease, lung function measurement FEV1 (correlation= -0.31, P=1.1x10), computed tomography based measurements of fatty liver disease. We present evidence that GrimAge version 2 also applies to younger individuals and to saliva samples where it tracks markers of metabolic syndrome. DNAm logCRP is positively correlated with morbidity count (P=1.3x10). DNAm logA1C is highly associated with type 2 diabetes (P=5.8x10). DNAm PAI-1 outperforms the other age-adjusted DNAm biomarkers including GrimAge2 in correlating with triglyceride (cor=0.34, P=9.6x10) and visceral fat (cor=0.41, P=4.7x10). Overall, we demonstrate that GrimAge version 2 is an attractive epigenetic biomarker of human mortality and morbidity risk.