エピジェネティックな年齢加速は加齢黄斑変性とは無関係

Epigenetic Age Acceleration Is Not Associated with Age-Related Macular Degeneration.

抄録

DNAメチル化年齢（DNAm年齢）の推定は、ヒトの老化の強力なバイオマーカーである。これまでのところ、加齢黄斑変性症（AMD）におけるエピジェネティックな時計は評価されていない。ここでは、喫煙歴が証明されたAMD患者（AMD14人、正常16人）の血液においてゲノムワイドDNAメチル化解析を行い、-値基準（≦10）を緩和して差次的メチル化（DML）の遺伝子座を同定した。血液と網膜色素上皮（RPE）の両方において、Horvath-multi tissue、Hannum、Skin & Blood epigenetic clocksを用いてDNAm age解析を行った。血液と網膜色素上皮で有意にメチル化されたCpGプローブの上位について、Ingenuity Pathway Analysis Causal Network Analysis（IPA CNA）を行った。その結果、RPEにおけるエピジェネティッククロックの性能が低いことが示された。AMDではエピジェネティックな年齢加速（EAA）は観察されなかった。しかし、喫煙者の血中およびAMDの喫煙者では、正のEAAが観察された。DML解析の結果、cg04953735の低メチル化（= 6.51 × 10; Δβ = -11.95%）が明らかになった。また、RPEにおけるIPA CNAは、AMDにおいて阻害されると予測される推定上のマスターレギュレーターとして同定された。結論として、これはAMDにおけるエピジェネティックな老化との関連を評価した最初の研究である。我々は、AMDにおけるRPEのメチル化変化の共通のマスターレギュレーターとしての役割を仮定した。

DNA methylation age (DNAm age) estimation is a powerful biomarker of human ageing. To date, epigenetic clocks have not been evaluated in age-related macular degeneration (AMD). Here, we perform genome-wide DNA methylation analyses in blood of AMD patients with a documented smoking history (14 AMD, 16 Normal), identifying loci of differential methylation (DML) with a relaxed -value criterion ( ≤ 10). We conduct DNAm age analyses using the Horvath-multi tissue, Hannum and Skin & Blood epigenetic clocks in both blood and retinal pigment epithelium (RPE). We perform Ingenuity Pathway Analysis Causal Network Analysis (IPA CNA) on the topmost significantly differentially methylated CpG probes in blood and RPE. Results show poor performance of epigenetic clocks in RPE. Epigenetic age acceleration (EAA) was not observed in AMD. However, we observe positive EAA in blood of smokers, and in smokers with AMD. DML analysis revealed hypomethylation at cg04953735 within ( = 6.51 × 10; Δβ = -11.95%). IPA CNA in the RPE also identified as the putative master regulator, predicted to be inhibited in AMD. In conclusion, this is the first study evaluating an association of epigenetic ageing in AMD. We posit a role for as a common master regulator of methylation changes in the RPE in AMD.