FluConvert と IniFlu：リスクが高まる新興インフルエンザウイルスの新規シグネチャを同定するための統合ソフトウェア群

FluConvert and IniFlu: a suite of integrated software to identify novel signatures of emerging influenza viruses with increasing risk.

• Chin-Rur Yang
• Chwan-Chuen King
• Li-Yu Daisy Liu
• Chia-Chi Ku

抄録

背景:

インフルエンザのパンデミックの脅威は、世界中で大きな注目を集めています。公衆衛生の意思決定者を支援するために、より良いリスク評価のために、パブリックドメインのデータベースから検索されたウイルス情報を迅速に処理し、組み合わせるための新しいツール群が必要とされています。

BACKGROUND: The pandemic threat of influenza has attracted great attention worldwide. To assist public health decision-makers, new suites of tools are needed to rapidly process and combine viral information retrieved from public-domain databases for a better risk assessment.

結果:

最近開発した FluConvert と IniFlu ソフトウェアを使用して、標準的なウイルス命名法による配列データを自動的に処理して再配列し、グループに関連するコンセンサス配列を決定し、グループ固有の多遺伝子シグネチャを同定しました。このソフトウェアは、ウイルスデータ、臨床データ、疫学データを統合する強力な能力を持っています。我々は、HA遺伝子の切断部位に存在する複数の塩基性アミノ酸と、2009年から2016年の間に世界的な高病原性鳥インフルエンザH5N2ウイルスに存在する少なくとも11種類のウイルス性アミノ酸置換が、ウイルスの病原性とヒト感染に関連していることを実証した。

RESULTS: Using our recently developed FluConvert and IniFlu software, we automatically processed and rearranged sequence data by standard viral nomenclature, determined the group-related consensus sequences, and identified group-specific polygenic signatures. The software possesses powerful ability to integrate viral, clinical, and epidemiological data. We demonstrated that both multiple basic amino acids at the cleavage site of the HA gene and also at least 11 more evidence-based viral amino acid substitutions present in global highly pathogenic avian influenza H5N2 viruses during the years 2009-2016 that are associated with viral virulence and human infection.

結論:

FluConvert と IniFlu は，パンデミックの可能性のあるインフルエンザウイルスのすべてのサブタイプのモニタリングと評価に有用です．これらのプログラムはコマンドラインとユーザーフレンドリーなグラフィカルインターフェースで実装されており、ウイルス学的、疫学的、臨床的に意義のある分子シグネチャーを同定します。FluConvert と IniFlu は https://apps.flutures.com または https://github.com/chinrur/FluConvert_IniFlu から入手できます。

CONCLUSIONS: FluConvert and IniFlu are useful to monitor and assess all subtypes of influenza viruses with pandemic potential. These programs are implemented through command-line and user-friendly graphical interfaces, and identify molecular signatures with virological, epidemiological and clinical significance. FluConvert and IniFlu are available at https://apps.flutures.com or https://github.com/chinrur/FluConvert_IniFlu.