ライブラリー作成方法に起因するGC内容に関連したシークエンシングのバイアスは、SeqSero2を用いた血清型予測に影響を与える可能性がある

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Appl. Environ. Microbiol..2020 Jul;AEM.00614-20. doi: 10.1128/AEM.00614-20.Epub 2020-07-17.

ライブラリー作成方法に起因するGC内容に関連したシークエンシングのバイアスは、SeqSero2を用いた血清型予測に影響を与える可能性がある

GC content-associated sequencing bias caused by library preparation method may affect serotype prediction using SeqSero2.

Shaoting Li
Shaokang Zhang
Xiangyu Deng

PMID: 32680856 DOI: 10.1128/AEM.00614-20.

抄録

eqSero2（1）とその前身であるSeqSero（2）は、MLSTなどのサロゲートマーカーに頼ることなく、血清型の遺伝的決定因子を標的とすることで、全ゲノムシークエンシング（WGS）データから血清型を予測します。

eqSero2 (1) and its predecessor SeqSero (2) predict serotypes from whole genome sequencing (WGS) data by targeting genetic determinants of serotype without resorting to surrogate markers, such as MLST.….