ヘルスケア関連 COVID-19 の症例を調査するための SARS-CoV-2 シーケンシングの迅速な実施：プロスペクティブなゲノムサーベイランス研究

Rapid implementation of SARS-CoV-2 sequencing to investigate cases of health-care associated COVID-19: a prospective genomic surveillance study.

• Luke W Meredith
• William L Hamilton
• Ben Warne
• Charlotte J Houldcroft
• Myra Hosmillo
• Aminu S Jahun
• Martin D Curran
• Surendra Parmar
• Laura G Caller
• Sarah L Caddy
• Fahad A Khokhar
• Anna Yakovleva
• Grant Hall
• Theresa Feltwell
• Sally Forrest
• Sushmita Sridhar
• Michael P Weekes
• Stephen Baker
• Nicholas Brown
• Elinor Moore
• Ashley Popay
• Iain Roddick
• Mark Reacher
• Theodore Gouliouris
• Sharon J Peacock
• Gordon Dougan
• M Estée Török
• Ian Goodfellow

抄録

背景:

ヘルスケア関連重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2（SARS-CoV-2）感染症の負担と影響は不明である．我々は，医療機関における SARS-CoV-2 感染症を調査し，感染管理対策に役立てるために，迅速な SARS-CoV-2 シーケンシングと詳細な疫学的解析を組み合わせて検討することを目的としている．

BACKGROUND: The burden and influence of health-care associated severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infections is unknown. We aimed to examine the use of rapid SARS-CoV-2 sequencing combined with detailed epidemiological analysis to investigate health-care associated SARS-CoV-2 infections and inform infection control measures.

方法:

このプロスペクティブサーベイランス研究では、当院（英国ケンブリッジ）とイングランド東部の病院から無作為に抽出した PCR 陽性の診断用サンプルから迅速 SARS-CoV-2 ナノポアシーケンシングを設定し、24 時間以内にサンプルからシーケンシングを行うことができた。

METHODS: In this prospective surveillance study, we set up rapid SARS-CoV-2 nanopore sequencing from PCR-positive diagnostic samples collected from our hospital (Cambridge, UK) and a random selection from hospitals in the East of England, enabling sample-to-sequence in less than 24 h. We established a weekly review and reporting system with integration of genomic and epidemiological data to investigate suspected health-care associated COVID-19 cases.

結果:

2020年3月13日から4月24日までの間に、イングランド東部全域のCOVID-19患者5613人から臨床データとサンプルを収集しました。1000サンプルのシークエンスを行い、747の高品質なゲノムを作成した。当院の299人の患者の疫学的解析とゲノム解析を組み合わせ、159人の患者が関与する同一ウイルスの35のクラスターを同定した。159人の患者のうち92人（58％）が強い疫学的関連性を有し、32人（20％）がもっともらしい疫学的関連性を有していた。これらの結果は臨床、感染制御、病院管理チームにフィードバックされ、感染制御介入につながり、患者の安全性に関する報告につながった。

FINDINGS: Between March 13 and April 24, 2020, we collected clinical data and samples from 5613 patients with COVID-19 from across the East of England. We sequenced 1000 samples producing 747 high-quality genomes. We combined epidemiological and genomic analysis of the 299 patients from our hospital and identified 35 clusters of identical viruses involving 159 patients. 92 (58%) of 159 patients had strong epidemiological links and 32 (20%) patients had plausible epidemiological links. These results were fed back to clinical, infection control, and hospital management teams, leading to infection-control interventions and informing patient safety reporting.

インタープリテーション:

英国の病院で SARS-CoV-2 のリアルタイムゲノムサーベイランスを確立し、医療関連 COVID-19 の調査にゲノム解析と疫学解析を組み合わせることの利点を示した。このアプローチにより、感染症の感染イベントを検出し、医療関連感染をさらに減少させるための感染制御介入を標的とする機会を特定することができた。我々の知見は、病院や地域社会での感染症の迅速な追跡と調査を可能にし、国の公衆衛生政策に重要な意味を持つ。

INTERPRETATION: We established real-time genomic surveillance of SARS-CoV-2 in a UK hospital and showed the benefit of combined genomic and epidemiological analysis for the investigation of health-care associated COVID-19. This approach enabled us to detect cryptic transmission events and identify opportunities to target infection-control interventions to further reduce health-care associated infections. Our findings have important implications for national public health policy as they enable rapid tracking and investigation of infections in hospital and community settings.

資金調達:

COVID-19 Genomics UKは、保健社会福祉省、英国研究・イノベーション省、ウェルカム・サンガー研究所の助成を受けています。

FUNDING: COVID-19 Genomics UK funded by the Department of Health and Social Care, UK Research and Innovation, and the Wellcome Sanger Institute.

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