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Charité - Universitätsmedizin Berlinにおけるバンコマイシン耐性Enterococcus faecium株のST117 CT71型の増加（2008年～2018年
Increase of vancomycin-resistant Enterococcus faecium strain type ST117 CT71 at Charité - Universitätsmedizin Berlin, 2008 to 2018.
PMID: 32678047 DOI: 10.1186/s13756-020-00754-1.
抄録
背景:
バンコマイシン耐性腸球菌フェシウム（VREfm）の全体的な増加に加えて、配列型（ST）とクラスター型（CT）でマークされた特定の菌種の増加が、ここ数年ドイツで報告されています。Charité - Universitätsmedizin Berlinでのアウトブレイク解析により、2017年と2018年にVREfmのST117 CT71分離株が頻発していることが明らかになった。近年ST117 CT71が出現したのか、あるいはこれらの株がより長い期間流通しているのかを調べるために、2008年から2018年の間に発生した非発生株をレトロスペクティブに分析し、頻繁に発生しているSTとCTを特定しました。
BACKGROUND: In addition to an overall rise in vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VREfm), an increase in certain strain types marked by sequence type (ST) and cluster type (CT) has been reported in Germany over the past few years. Outbreak analyses at Charité - Universitätsmedizin Berlin revealed the frequent occurrence of VREfm ST117 CT71 isolates in 2017 and 2018. To investigate whether ST117 CT71 have emerged in recent years or whether these strains have been circulating for a longer time, we retrospectively analyzed non-outbreak strains that occurred between 2008 and 2018 to identify frequent STs and CTs.
方法:
2008年、2013年、2015年、2018年の臨床培養およびサーベイランス培養から得られたVREfm分離株120株を解析した。各年の各四半期の非発生株7～8株からなる年間30株を全ゲノムシークエンシングにより解析した。MLST と cgMLST、および耐性遺伝子と病原性因子を決定した。VREfm ST117 の危険因子は，患者の特徴を交絡因子とする多変量解析で解析した．
METHODS: In total, 120 VREfm isolates obtained from clinical and surveillance cultures from the years 2008, 2013, 2015, and 2018 were analyzed. Thirty isolates per year comprising the first 7-8 non-outbreak isolates of each quarter of the respective year were sequenced using whole genome sequencing. MLST and cgMLST were determined as well as resistance genes and virulence factors. Risk factors for VREfm ST117 were analyzed in a multivariable analysis with patient characteristics as possible confounders.
結果:
ST117型のVREfmの割合は、2008年の17％から2018年には57％に増加した（p=0.012）。2008年にはvanA遺伝子型が全ST117分離株の80％を占めていたのに対し、2018年には6％になっていた。VanB CT71は2018年に初めて出現し、43％で他のすべてのST117を優勢にした（p＜0.0001）。CT71の抵抗性遺伝子（msrC、efmA、erm(B)、dfrG、aac(6')-Ii、gyrA、parC、pbp5）と病原性因子（acm、esp、hylEfm、ecbA、sgrA）のセットは、CT36を中心とした他のST117非CT71株にも見られた。研究集団は、年齢、性別、在院期間、病棟タイプのいずれにおいても、解析した暦年間で差はなかった（各p>0.2）。
RESULTS: The percentage of VREfm of type ST117 increased from 17% in 2008 to 57% in 2018 (p = 0.012). In 2008, vanA genotype accounted for 80% of all ST117 isolates compared to 6% in 2018. VanB CT71 first appeared in 2018 and predominated over all other ST117 at 43% (p < 0.0001). The set of resistance genes (msrC, efmA, erm(B), dfrG, aac(6')-Ii, gyrA, parC and pbp5) and virulence factors (acm, esp, hylEfm, ecbA and sgrA) in CT71 was also found in other ST117 non-CT71 strains, mainly in CT36. The study population did not differ among the different calendar years analyzed in terms of age, gender, length of stay, or ward type (each p > 0.2).
結論:
その結果、2008年から2018年にかけてST117株が増加し、2018年にはvanB遺伝子型を持つCT71株へのシフトを伴っていることが明らかになった。ST117株の中で、他のCTと比較して生存優位性を与える可能性のあるCT71株の耐性やウイルス性形質は検出されなかった。今日まで、ST117株、特に株型ST117 CT71が他の株より優勢な理由は明らかになっていない。
CONCLUSION: This study revealed an increase in ST117 strains from 2008 to 2018, accompanied by a shift toward CT71 strains with the vanB genotype in 2018. We did not detect resistance or virulence traits in CT71 that could confer survival advantage compared to other CTs among ST117 strains. To date, it is not clear why ST117 and in particular strain type ST117 CT71 predominates over other strains.