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ヘリコバクター・ピロリRdxAの変異は、主に株の系統的起源に関連しており、メトロニダゾール抵抗性とは関連していなかった
Mutations of Helicobacter pylori RdxA are mainly related to the phylogenetic origin of the strain and not to metronidazole resistance.
PMID: 32676634 DOI: 10.1093/jac/dkaa302.
抄録
目的:
ヘリコバクター・ピロリの薬剤耐性は世界的に大きな臨床問題となっている。本研究の目的は、中国の深圳市における抗生物質耐性ヘリコバクター・ピロリの有病率を調査するとともに、無関係な系統シグナルではなく、薬剤耐性に特異的に関連する遺伝子変異を同定することであった。
OBJECTIVES: Drug resistance of Helicobacter pylori is a major clinical problem worldwide. The objective of the present study was to investigate the prevalence of antibiotic-resistant H. pylori in the city of Shenzhen in China, as well as to identify the genetic mutations specifically associated with drug resistance rather than unrelated phylogenetic signals.
方法:
深圳市人民第二病院消化器科で胃カメラ検査を受けたH. pylori陽性の消化器疾患患者から分離された238株の臨床株を対象に抗生物質感受性試験を実施した。イルミナ技術を用いて全株のWGSを行った後、突然変異および系統解析を行った。
METHODS: Antibiotic susceptibility testing was performed on 238 clinical strains successfully isolated from H. pylori-positive dyspeptic patients who underwent gastroscopy at the Department of Gastroenterology in Shenzhen People's Second Hospital. Following WGS of all strains using Illumina technology, mutation and phylogenetic analyses were performed.
結果:
耐性率はメトロニダゾール、クラリスロマイシン、シプロフロキサシン、リファンピシンでそれぞれ84.9％、35.3％、25.2％、2.1％であった。クラリスロマイシン耐性株では23S rRNA遺伝子のA2143G変換が主な変異であり，シプロフロキサシン耐性株ではGyrAのN87K/IおよびD91G/N/Yが検出された。また、RdxAでは、R16H/CとM21Aのみがメトロニダゾール耐性に寄与していることが示された。
RESULTS: The resistance rates were 84.9%, 35.3%, 25.2% and 2.1% for metronidazole, clarithromycin, ciprofloxacin and rifampicin, respectively. An A2143G conversion in the 23S rRNA gene was the primary mutation observed in clarithromycin-resistant strains, whilst N87K/I and D91G/N/Y in GyrA were detected in ciprofloxacin-resistant strains. In RdxA, our results demonstrated that only R16H/C and M21A are significant contributors to metronidazole resistance; there were 15 other sites, but these are phylogenetically related and thus unrelated to metronidazole resistance.
結論:
中国深圳のH. pyloriでは、メトロニダゾール、クラリスロマイシン、シプロフロキサシン耐性の有病率が高く、リファンピシン耐性の有病率は低い。系統的に関連する部位を省略することで、H. pyloriや他の種の抗生物質耐性に本当に関連する部位の同定を改善することができると考えられる。
CONCLUSIONS: There is a high prevalence of metronidazole, clarithromycin and ciprofloxacin resistance and a low prevalence of rifampicin resistance in H. pylori from Shenzhen, China. Omission of phylogenetically related sites will help to improve identification of sites genuinely related to antibiotic resistance in H. pylori and, we believe, other species.
© The Author(s) 2020. Published by Oxford University Press on behalf of the British Society for Antimicrobial Chemotherapy. All rights reserved. For permissions, please email: journals.permissions@oup.com.