系統樹に沿ったパラメトリック拡散モデルを推論するための適応型形質シミュレータパッケージの構築

Building an adaptive trait simulator package to infer parametric diffusion model along phylogenetic tree.

• Dwueng-Chwuan Jhwueng

抄録

系統樹に沿った形質進化を推論するための適応形質シミュレーターパッケージの開発を示す。連続型の確率過程は、種間の進化関係や研究対象の形質が存在する場合の形質進化のモデル化に広く応用されている。いくつかの一般的な確率過程を含めることで、データセットに埋め込まれた進化情報を明らかにすることができる。本手法の特徴は以下の通りである。2.確立された形質シミュレーターのアプローチと近似ベイズ計算手順は、モデル尤度なしで実行可能な統計的推論を提供します。

The development of an adaptive trait simulator package for inferring trait evolution along a phylogenetic tree is shown. Stochastic processes of the continuous type are broadly applied to modeling trait evolution when the evolutionary relationship among species and traits of study interest are present. By including several popular stochastic processes, evolutionary information embedded in a dataset can be revealed. The highlights of the method include: 1.The implementation of the popular Cox-Ingersol-Ross process for modeling rate evolution within the package to prevent rates from becoming negative and thus is potentially a useful extension to study adaptive trait evolution in randomly evolved environment.2.The established trait simulator approach along with approximate Bayesian computation procedure provides a feasible statistical inference without model likelihood.3.The procedure proposed for trait simulator along phylogenetic tree can be applied to all established models of trait evolution in literature, thus providing users an alternative option to analyze their data.

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